fictomed 0.1.2

Package de génération de séjours et de scénario fictifs

fictomed

Librairie Python pour la génération de séjours médicaux fictifs et de scénarios textuels à partir de plusieurs stratégies spécifiques aux centres.

Table des matières

• Vue d'ensemble
• Installation
• Utilisation
• Pipelines disponibles
• Architecture
• Contribuer
• Licence

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Vue d'ensemble

L'idée est de pouvoir crée des scénarios hospitaliers fictifs à partir de séjours choisi selon la stratégie mis en place par le centre développeur de la pipeline. Ces séjours fictifs peuvent ensuite être utilisés en entrée d'un LLM pour en générer des CRH par exemple.

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Installation

uv pip install fictomed

Ou depuis les sources :

git clone https://github.com/CHU-brest/fictomed.git
cd fictomed
pip install -e .

Prérequis

• Python 3.13+
• polars
• pyyaml
• tqdm

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Utilisation

En tant que librairie

Pour le pipeline Brest :

from fictomed import generate

df = generate(
    pipeline_name="brest",
    n_sejours=500,
    n_ccam=1,
    n_das=5,
    ghm5_pattern=None,
)

Pour le pipeline AP-HP :

from fictomed import generate

df = generate(
    pipeline_name="aphp",
    n_sejours=500,
)

En ligne de commande

python main.py brest --n-sejours 100

python main.py aphp --n-sejours 100

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Pipelines disponibles

Nom	Site	Description
brest	CHU de Brest	Choix des codes CIM10 par pondération selon les extractions SNDS
aphp	AP-HP	Génération de scénarios cliniques à partir de profils PMSI AP-HP, avec règles ATIH, templates spécifiques, prompts système et préfixes LLM.

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Architecture

fictomed/
├── __init__.py        # API publique
├── core.py            # Fonction principale generate()
├── registry.py        # Registre des pipelines (PIPELINES) ainsi que du chemin vers le fichier de config (CONFIG_DIR)
├── config.py          # Chargement de la configuration
├── base.py            # Définition de la pipeline de base BasePipeline
├── ficitve.py         # Fonction général qui permet la génération des séjours fictifs
├── scenario.py        # Fonction général qui permet la génération des scenarios fictifs
├── config/  
│ └── servers.yaml 
└── sites/ 
    ├── brest/ 
    │ ├── __init__.py 
    │ ├── constants.py 
    │ ├── fictive.py 
    │ ├── pipeline.py 
    │ ├── sampler.py 
    │ └── scenario.py 
    └── aphp/ 
        ├── __init__.py 
        ├── constants.py 
        ├── fictive.py 
        ├── loader.py 
        ├── managment.py 
        ├── pipeline.py 
        ├── prompt.py 
        ├── sampler.py 
        └── scenario.py 

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Contribuer

Ajouter un nouveau pipeline

1. Créer un dossier fictomed/sites/<nom_site>/
2. Implémenter MedPipelineBase dans pipeline.py
3. Enregistrer le pipeline dans registry.py

# registry.py
from fictomed.sites.nouveau_site.pipeline import NouveauSitePipeline

PIPELINES = {
    "brest": BrestPipeline,
    "aphp": APHPPipeline,
    "nouveau_site": NouveauSitePipeline,  # ← ajouter ici
}

Contributeurs

Nom	Rôle
Arthur LAMARD	Data Engineer CHU Brest
Dr. Basile FUCHS	Médecin DIM CHU Brest
Claire Dechaux	Data Scientist INRIA
Dr. Remi Flicoteaux	Médecin DIM APHP

Licence

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