histcite-python 0.1.1

A Python interface to histcite.

HistCite工具的Python实现

由于原引文分析工具 HistCite 已停止维护，目前国内普遍使用的为中科大某位同学在原程序基础上进行修复的版本 HistCite Pro，仅能在 Windows 平台上运行，存在较多限制。借助 pandas 2.0 和可视化工具 Graphviz，本工具复刻了原 HistCite 80% 的功能，并且可以跨平台使用。

核心功能：

• 生成引文网络图；
• 生成包含文献、作者、机构、期刊、关键词等分析单元的引文统计数据；

术语说明

• GCS, Global Citation Score， 表示一篇文献在 Web of Science核心合集中的总被引次数；
• LCS, Local Citation Score，表示一篇文献在本地论文集中的被引次数；
• GCR, Global Cited References，表示一篇文献所有参考文献的数量；
• LCR, Local Cited References，表示一篇文献所有本地参考文献的数量；
• T*, Total，表示给定作者、机构、期刊等相应分数之和。例如TLCS = 总本地引文分数；
• Recs， 记录数；
• Web of science题录数据字段说明；

快速开始

适用于本工具的数据集，来源Web of Science核心合集， Tab delimited file/制表符分隔文件 格式，导出内容选择 Full Record and Cited References/全记录与引用的参考文献 或者是 Custome selection/自定义选择项，全选字段，下载之后放在某个文件夹内；

$ python3 -m pip install histcite-python

使用方法

1、使用命令行工具，输入 histcite -h 查看帮助信息

$ 下载的wos文件夹路径为 /Users/.../downloads/dataset，引文网络图包含的节点数为 100
$ histcite -f /Users/.../downloads/dataset -n 100

参数说明：

简写参数	参数	说明
-f	--folder_path	下载的题录数据存放的文件夹路径
-n	--node_num	引文网络图中包含的节点数量，默认为 50，即 LCS 最高的50篇文献
-g	--graph	是否仅生成图文件，指定该参数表示 True, 无需传值

结果保存在 folder_path 下的 result 文件夹内，包含 statistics.xlsx, graph.node.xlsx, graph.dot, 三个文件，第一个是引文统计表，第二个是引文网络图文献节点表，最后一个为引文网络图的数据文件，可以使用 Graphviz在线编辑器 或本地的 Graphviz工具 生成引文网络图。具体文件内容可以参考 examples文件夹。

生成的引文网络图如下所示：

2、函数调用，相比命令行工具，函数调用更加灵活，可以自定义更多参数，参考 demo.ipynb

import os
import pandas as pd
from histcite.parse_table import ParseTable
from histcite.compute_metrics import ComputeMetrics
from histcite.network_graph import Graphviz

# 读取数据，解析引文
folder_path = '/Users/.../downloads/dataset' # 下载的题录数据存放的文件夹路径
process = ProcessTable(folder_path) # 读取并处理题录数据
concated_table = process.concat_table() # 合并多个文件

# 提取所有文献的参考文献
reference_table = process.generate_reference_table(concated_table['CR']) 

# 识别引文关系
citation_table = process.process_citation(reference_table) 

# 各分析单元的引文统计
cm = ComputeMetrics(citation_table, reference_table)
cm.write2excel(os.path.join(folder_path,'result','statistics.xlsx'))

# 生成引文网络图文件
graph = Graphviz(citation_table)
doc_indices = citation_table.sort_values('LCS', ascending=False).index[:100] # 选取LSC最高的100篇文献
graph_dot_file = graph.generate_dot_file(doc_indices, allow_external_node=False)
with open(os.path.join(folder_path,'result','graph.dot'), 'w') as f:
    f.write(dot_text)

# 生成引文网络图节点文件
graph_node_file = graph.generate_graph_node_file()
graph_node_file.to_excel(os.path.join(folder_path,'result','graph.node.xlsx'),index=False)

generate_dot_text 函数的 allow_external_node 参数表示引文网络节点中是否允许出现 doc_indices 之外的文献，doc_indices 一般为LCS比较高的文献，这些文献同样会参考低LCS的文献，或被低LCS的文献引用，因此如果将 allow_external_node 设置为 True, 图文件中将会出现这些低LCS的文献节点，默认设置 False。

工具对比：

对比项	histcite-python	histcite pro
是否跨平台	是	否，仅限 Windows
是否开源	是	否
是否提供前端界面	否	是
引文网络图	矢量图，比较细腻	位图，比较粗糙
性能	...

TODO

• 支持 scopus 题录数据
• 构建GUI页面