imarisCooker

项目简介

imarisCooker是一个用于将Imaris软件的IMS格式文件转换为TIFF格式的工具。该工具支持多通道图像处理，可以选择性地转换特定通道的数据。

安装说明

pip install imaris-cooker

使用方法

命令行参数

# bash
imaris-cooker <file_path> [-save_path SAVE_PATH] [-specify_channel SPECIFY_CHANNEL]

Python

# python
import imaris_cooker
file_path = 'your .ims file path'
save_path = 'export .tiff file path'
specify_channel = [0,2] # specify channel index, None to extract all channel.
imaris_cooker.convert_ims_to_tiff(file_path,save_path,specify_channel)

参数说明：

• file_path：必需参数，指定IMS文件的路径
• -save_path：可选参数，指定TIFF文件的保存路径，默认为IMS文件所在目录下的tiff文件夹
• -specify_channel：可选参数，指定需要转换的通道索引，多个通道用逗号分隔，例如：0,1,3 或 1,3

示例

# bash
# 转换所有通道
imaris-cooker D:\data\sample.ims

# 转换指定通道并指定保存路径
imaris-cooker D:\data\sample.ims -save_path D:\output -specify_channel 0,2

# python
import imaris_cooker

# 转换所有通道
imaris_cooker.convert_ims_to_tiff(r'D:\data\sample.ims')

# 转换指定通道并指定保存路径
imaris_cooker.convert_ims_to_tiff(r'D:\data\sample.ims',r'D:\data\out', [0, 2])

注意事项

• 输入文件必须是.ims格式
• 对于大型文件，转换过程可能需要较长时间