mauve-mcp-server

单个 Python 包 mauve_mcp_server，一个 MCP server 同时提供三块能力：

• Mauve MCP server（mauve_mcp_server）：异步在线 NCBI BLAST + 基因组下载。
• Mauve 工具（由 mauve-mcp 项目迁入）：run_progressive_mauve_tool / check_mauve_binary，带内存/超时监控；二进制需自行准备（系统 PATH 或本地 bin/，不随仓库/PyPI 分发）。
• 切片 + Redis：slice_homologous_segments 用本地 backbone 切同源片段； blast_search 的注释结果写入 Redis RID:<rid>。

目录结构

mauve-mcp-server/
├── bin/                    # 可选：本地放置 progressiveMauve / mauveAligner（不入库）
├── data/sequences/         # 示例序列（seq1..5.fasta）
├── mauve_mcp_server/        # 唯一 Python 包
│ ├── blast.py              # 异步 BLAST 引擎（在线重试/限流）
│ ├── download.py           # NCBI 基因组下载引擎
│ ├── mauve.py              # Mauve 配置 + 同步/异步执行器
│ ├── slice.py              # backbone -> 同源片段（本地）
│ ├── redis_store.py        # 第二次比对(BLAST)结果存取 Redis
│ ├── server.py             # 主 MCP server（以上工具统一注册）
│ └── ...
├── examples/               # Mauve MCP 客户端示例
│ └── run_flow_demo.py      # 端到端演示（输出到 out/）
├── test/                   # pytest（25 个用例）
├── out/                    # 端到端演示产物（已 gitignore）
└── pyproject.toml

安装

uv sync

运行 NCBI 服务

# stdio
uv run mauve-mcp-server
# 或
python -m mauve_mcp_server

# Streamable HTTP（默认 127.0.0.1:8080）
python -m mauve_mcp_server --http --port 8080

Mauve 全基因组比对

Mauve（progressiveMauve）由原 mauve-mcp 项目迁入，逻辑并入主 MCP server：

• 跨平台（Windows / Linux / macOS），通过 psutil 做内存/超时监控
• 异步执行 + 并发限制（默认同时最多 2 个 progressiveMauve 任务）
• 完整的二进制自动探测与错误处理（系统 PATH → 本地 bin/）
• 不再提供独立的 mauve-mcp 命令或 MAUVE_MCP_* 环境变量入口

二进制

progressiveMauve / mauveAligner 二进制不随仓库或 PyPI 包分发，需要自行获取并放置：

# Linux
mkdir -p bin/linux/x64
cp /path/to/progressiveMauve bin/linux/x64/ && chmod +x bin/linux/x64/progressiveMauve

# macOS
cp /path/to/progressiveMauve bin/macos/ && chmod +x bin/macos/progressiveMauve

# Windows
mkdir -p bin/windows/win64
cp /path/to/progressiveMauve.exe bin/windows/win64/

自动检测顺序：

1. 系统 PATH
2. 项目根目录 bin/<platform>/（含 win32/win64、x86/x64 架构子目录）
3. bin/ 根目录

注意：原 mauve-mcp 的 MAUVE_BINARY_DIR 环境变量并未在代码中生效； 自定义二进制目录请用 BinaryManager(binary_dir=...)，或在工具参数中传 mauve_binary。

工具

run_progressive_mauve_tool(input_files, output_prefix, ...)

• input_files：输入 FASTA 路径列表
• output_prefix：结果前缀（生成 .backbone / .alignment）
• max_memory_gb：内存上限（默认 8）
• timeout_seconds：超时（默认 3600）
• mauve_binary：可选，覆盖自动检测
• extra_args：附加命令行参数
• scratch_dir：临时目录

check_mauve_binary()：返回可用二进制、自动检测结果与有效性。

Mauve 切片 + Redis 缓存

第一次比对（Mauve）与切片产物都保存在本地文件；第二次比对（NCBI BLAST 注释）结果写入 Redis RID:<rid>。MCP 工具直接接收本地路径，形成 下载 → 第一次比对 → 切片（本地）→ 第二次比对（入 Redis）→ LLM 的闭环。

# Redis 连接信息默认已在 .env 中，可按需覆盖
REDIS_HOST=127.0.0.1 REDIS_PORT=6379 REDIS_PASSWORD=foobared REDIS_DB=0

相关 MCP 工具：

• run_progressive_mauve_tool(input_files, output_prefix, ...) — 第一次比对，结果落本地文件
• blast_search(...) — 第二次比对（BLAST）结果自动写入 RID:<rid>
• slice_homologous_segments(input_files, output_dir, backbone_path) — 读本地 backbone 切出同源片段（存本地）
• get_alignment_result(rid="<rid>") — 查询 RID:<rid> 里的 BLAST 结果
• check_redis() — 检查 Redis 可用性与键/字段格式

端到端演示（第一次比对 -> 切片 -> 第二次比对 -> Redis）：

uv run python -m examples.run_flow_demo

产物写在 out/（不在 git 中）。注意：data/sequences 里的样例序列只有几十 bp， Mauve 比对不出同源区；演示脚本在这种情况下会自动回退用第一条序列跑 BLAST。

RID:<rid> 的 HASH 字段对齐 db0 参考键 RID:65D31GPG016： Program / Database / Job Title / Description / Molecule type / Query Length / Alignment（BLAST 注解结果放在 Alignment 的 JSON 中）。

客户端调用示例见 examples/client_example.py；完整端到端流程见上文演示命令。

测试

uv run pytest test/

当前 25 个用例全部通过（包含真实 Mauve 端到端与真实 Redis 写读删）。

MCP 客户端配置（Mauve MCP）

{
  "McpServer": {
    "mauve-mcp-server": {
      "name": "mauve-mcp-server",
      "type": "streamableHttp",
      "description": "A Model Context Protocol server for NCBI.",
      "isActive": false,
      "provider": "星旅人",
      "providerUrl": "https://white-album.top",
      "logoUrl": "https://white-album.top/favicon.ico",
      "tags": [
       "biopython",
       "ncbi",
       "mcp"
      ],
      "baseUrl": "http://localhost:8000/mcp",
      "headers": {
        "X-MCP-API-TOKEN": ""
      }
    }
  }
}