MELO: Protein Structure Scoring and Analysis MELO 是一个用于计算蛋白质结构分数和分析的工具包，集成了 DSSP 的功能，可快速处理蛋白质对的结构特性并生成评分结果。

功能 使用 DSSP 分析蛋白质结构。 提供 VSS 和 SPS 两种分数计算方法。 多线程支持，处理效率更高。 自动保存结果到指定文件夹。 安装

1. 环境要求 Python >= 3.8 操作系统：支持 Windows、Linux 和 macOS DSSP 可执行文件
2. 安装步骤 安装 Python 包 克隆项目：

bash 复制代码 git clone https://github.com/your-repo/MELO.git cd MELO 安装依赖：

bash 复制代码 pip install -r requirements.txt 安装 MELO 包：

bash 复制代码 pip install . 安装 DSSP 如果使用 Ubuntu/Debian，可以运行以下命令： bash 复制代码 sudo apt-get install dssp 如果使用其他操作系统，请参考 DSSP 官方安装指南。 使用方法 安装完成后，可以直接在 Python 环境中调用 melo 函数。

python 复制代码 from melo import melo

定义输入参数

protein_file = "path/to/protein_pairs.csv" # 蛋白质对文件 pdb_file = "path/to/pdb_folder" # PDB 文件所在文件夹 save_folder = "path/to/output_folder" # 结果保存文件夹 threads = 4 # 线程数

运行 MELO

melo(protein_file, pdb_file, save_folder, threads) 示例输入文件 protein_pairs.csv 示例文件格式（分隔符为分号 ;）：

csv 复制代码 protein1;protein2;chain1;chain2 1abc;2def;A;B 3ghi;4jkl;A,C;B,D protein1 和 protein2：蛋白质的 ID，对应的 PDB 文件名应为 {protein1}.pdb 和 {protein2}.pdb。 chain1 和 chain2：可选字段，指定需要分析的链 ID（多个链以逗号分隔）。 输出结果 程序会生成一个 MELO_score.csv 文件，保存以下字段：

Protein1 和 Protein2：蛋白质对的 ID。 VSS 和 SPS：计算得到的结构分数。 贡献 欢迎提交问题和功能建议！您可以通过提交 Pull Request 或创建 Issue 与我们联系。

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