nature-academic-search 0.1.1

Academic literature search and citation workflows for PubMed, CrossRef, and arXiv

Nature Academic Search

让 Codex / Claude Code 完成可复现的文献检索、核验与引用导出。

不止返回几个论文标题：同时检索 PubMed、CrossRef 和 arXiv，合并重复记录，核验 DOI / PMID / arXiv ID，区分正式论文与预印本，并把来源失败如实写进结果。

快速开始 · 工作流 · 使用场景 · 能力边界

直接这样问

安装后，在 Codex 或 Claude Code 中输入：

使用 $nature-academic-search 查找 2022 年以来 GLP-1 受体激动剂与抑郁风险的文献。 同时检索 PubMed、CrossRef 和 arXiv，去重后核验 DOI / PMID，区分正式论文和预印本， 最后导出 RIS。某个来源失败时继续，并明确说明缺口。

你得到的不是无法追溯的论文清单，而是一份带查询、来源、核验状态和失败记录的结果。以下是结构示意， 不代表一次真实检索的统计数据：

query: "GLP-1 receptor agonists AND depression risk"
searched_sources: [pubmed, crossref, arxiv]
search_date: YYYY-MM-DD
raw_result_count: <去重前数量>
result_count: <唯一记录数量>
groups:
  peer_reviewed: <正式论文>
  preprints: <预印本>
  unresolved: <待人工核验>
verification: [verified, mismatch, not_found, manual_needed]
source_errors: []
export: references/results.ris

30 秒开始

Codex 插件

codex plugin marketplace add wp-a/nature-academic-search
codex plugin add nature-academic-search@wp-a-academic-tools

Claude Code 插件

claude plugin marketplace add wp-a/nature-academic-search
claude plugin install nature-academic-search@wp-a-academic-tools

启动客户端前设置 PubMed 联系邮箱；NCBI API Key 可选：

export PUBMED_EMAIL=[e-mail]
export NCBI_API_KEY=optional-key

CLI 与自动安装器

uv tool install nature-academic-search
nature-academic-search install --client both --email [e-mail]
nature-academic-search preflight

也可使用 pipx install nature-academic-search。从仓库安装并保留旧命令兼容：

bash install.sh [e-mail]

完整参数、--dry-run 和安装验证见安装说明。

它如何工作

检索 → 去重 → 核验 → 导出

1. 定义范围：记录研究主题、日期、文献类型、结果数量和是否接受预印本。
2. 按库检索：PubMed、CrossRef、arXiv 使用各自适合的查询，不混用数据库语法。
3. 合并去重：优先匹配 DOI，其次 PMID / arXiv ID，再比较标准化题名与年份。
4. 逐条核验：对照题名、作者、来源、年份和标识符；冲突不靠猜测修复。
5. 分类交付：分开正式论文、预印本和待核验记录，导出 RIS、BibTeX、NBIB 或 ENW。

任一来源超时或返回错误时，其他来源的成功结果仍会保留；最终回复会列出失败来源及其可能造成的缺口。

为什么是“核验优先”

常见检索输出	Nature Academic Search
只给标题和链接	同时保留查询、检索日期、标识符与来源追踪
多库结果重复出现	按 DOI、PMID、arXiv ID、题名与年份合并
DOI 或作者冲突被静默覆盖	标记 mismatch 或 manual_needed，逐项说明
预印本与正式版本混在一起	分组报告并保留版本关系
单库故障导致整次任务失败	返回部分成功结果并披露 errors
引用格式靠模型补全	从已解析记录生成引用或引用文件

这套约束适合需要把结果放进论文、开题报告或参考文献管理器的用户，也能降低 AI 生成“看起来合理、 实际不存在”的引用风险。

数据源能力

来源	最适合做什么	可核验标识符	明确不做什么
PubMed	生物医学检索、MeSH、期刊索引	PMID、记录中的 DOI	不提供所有论文全文
CrossRef	出版商元数据、DOI 解析、引用格式	DOI	不是完整学科数据库
arXiv	预印本检索、版本与发表线索	arXiv ID、记录中的 DOI	不代表同行评审状态

适合的科研任务

• 选题调研：“找近五年肿瘤免疫治疗耐药机制的论文，按正式论文和预印本分组。”
• MeSH 策略：“先核验生成式 AI 与医学教育的 MeSH，再构建 PubMed 检索式。”
• 引用核验：“检查这些 DOI / PMID 是否对应给定题名，逐项报告冲突。”
• 版本追踪：“判断这些 arXiv 预印本是否已有正式发表版本。”
• 文献导出：“把已核验记录去重后导出为 RIS，同时单列未解决引用。”

它适合综述前期检索与引用整理，但不会替代正式系统综述所需的数据库订阅、双人筛选、偏倚评估或 学科馆员复核。

MCP 工具

四个工具名保持稳定；客户端可能添加 MCP 命名空间前缀。

Tool	用途
search_papers	检索一个或多个来源，合并重复记录并返回来源错误
get_paper_by_id	解析并核验 DOI、PMID 或 arXiv ID
get_citation	为一条已解析记录生成指定格式引用
lookup_mesh	查询 PubMed MeSH 描述词以构建检索式

CLI

nature-academic-search --help
nature-academic-search serve
nature-academic-search preflight
nature-academic-search citation --pmid 28344011 --format ris
nature-academic-search citation --input refs.txt --format bib --output references/

能力边界

• 当前只连接 PubMed、CrossRef 和 arXiv。没有连接 Google Scholar、Semantic Scholar、 Web of Science、Scopus、Embase 或 CNKI 时，不会声称检索过它们。
• 当前以元数据、标识符、引用和检索策略为核心，不承诺自动获得付费全文。
• 上游 API 可能限流、超时或暂时不可用；工具会保留成功来源并披露失败。
• 引用进入正式稿件前仍应由作者核对原文、出版社页面和期刊要求。
• PUBMED_EMAIL 用于遵守 NCBI 请求规范；项目不会要求把 PyPI Token 写入客户端配置。

开发与维护

python -m pip install -e ".[test]"
python -m ruff check src tests
python -m pytest
python -m pytest mcp-server/tests
python -m build
twine check dist/*

项目支持 Python 3.10–3.13，并通过 GitHub Actions 测试包行为、旧 MCP 合约和发行构建。 发布与依赖维护流程见维护手册。

参与项目

发现查询适配、元数据冲突或安装问题时，请提交 Issue。 贡献代码前请保留四个 MCP 工具名和结果契约，并为解析、去重或安装行为添加回归测试。

如果这个项目能让你的文献检索更可追溯，欢迎点一个 Star；它会帮助更多中文科研用户找到这套工作流。

License

MIT