ngstoolkits 1.0.1rc1

ngstoolkits

Author : Liubo <Ben-unbelieveable>

ngstoolkits

NGS(下一代测序)数据分析工具包

主要功能类

CPRA

用于表示和分析变异位点的类。支持加载参考基因组和BAM文件进行深入分析。

from ngstoolkits import CPRA

# 初始化变异对象
mut = CPRA("chr6", 159188398, "C", "T")

# 加载必要文件
CPRA.loadBam("sample.bam")
CPRA.loadReference("reference.fa")

# 获取变异支持信息
mut.get_suppot()

# 访问分析结果
print(mut.supportReadNum)  # 支持该变异的reads数量
print(mut.CoverReadNum)    # 覆盖该位点的总reads数量
print(mut.ratio)           # 变异频率

BAM

用于处理BAM文件的工具类。

from ngstoolkits import BAM
import pysam

bam = BAM(pysam.AlignmentFile("sample.bam"))

# 获取特定位点的碱基统计
counts = bam.get_base_count_per_position("chr1", 1000)
print(counts)  # 返回 [A数量, C数量, G数量, T数量, 总数量]

# 获取区域平均深度
depth, details = bam.get_region_depth("chr1", 1000, 2000)

SeqFunction

提供序列处理的静态方法。

from ngstoolkits import SeqFunction

# 获取反向互补序列
rev_comp = SeqFunction.reverse_complement("ATGC")  # 返回 "GCAT"

# 计算GC含量
gc = SeqFunction.GC_content("ATGC")  # 返回 0.5

FASTA

用于处理FASTA文件的工具类。

from ngstoolkits import FASTA

fa = FASTA("reference.fa")
gc_rate = fa.gc_rate_special_region("chr1", 1000, 2000)

安装

pip install ngstoolkits

依赖

• Python >= 3.8
• pysam

许可证

MIT License