Skill 目录

单细胞分析

Bulk RNA-seq

空间转录组

数据处理与可视化

安装

pip install omicverse-skills

配合 OmicVerse Agent 使用时会自动加载；也可手动克隆到 .claude/skills/：

git clone https://github.com/Starlitnightly/omicverse-skills .claude/skills/omicverse-skills

使用

Python API

from omicverse_skills import skill_root, list_skills, load_skill_text

# 列出所有 skill
for skill in list_skills():
    print(skill["slug"], "—", skill["description"])

# 加载指定 skill 内容
text = load_skill_text("single-cell-preprocessing")
print(text)

配合 ov.Agent

import omicverse as ov

agent = ov.Agent()
agent.run("对这个 AnnData 做单细胞预处理，然后跑 Leiden 聚类")

Agent 会自动通过 skill_lookup 匹配并加载对应 Skill 的执行指引。

Skill 结构

每个 Skill 目录包含：

single-cell-preprocessing/
├── SKILL.md          # 执行指引（工作流、API、校验、分支选择）
└── references/       # 深度参考（函数签名、notebook 映射、兼容性说明）

SKILL.md 供 Agent 匹配与加载；references/ 供 Agent 运行时按需读取。

贡献

欢迎提交新 Skill 或改进现有 Skill：

1. 在 src/omicverse_skills/skills/ 下新建目录
2. 按照现有格式编写 SKILL.md（需含 name、slug、description frontmatter）
3. 提交 PR

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