orange-spectra 0.1.2

Orange Data Mining widgets for spectroscopy: import spectra from IRUG/SOPRANO URLs, similarity search, spectral libraries (.speclib) and NNLS mixture analysis.

orange-spectra — Orange Data Mining 光譜 widgets

五個給 Orange Data Mining 的光譜學 widgets， 與 SpectraView 共用演算法與 .speclib 光譜庫格式。Five spectroscopy widgets for Orange Data Mining, sharing algorithms and the .speclib library format with SpectraView.

Widget	功能
Import Spectrum URL	貼上 IRUG 編號／網址或 SOPRANO 網址（也支援 JCAMP-DX/CSV 直接網址），下載並畫出光譜，輸出成 Orange Table（每列一條光譜、欄名＝波數）
Spectra Similarity	兩組光譜間的相似度：correlation / cosine / 光譜角 SAM / Euclidean
Spectral Library	建立參考光譜庫、存成 .speclib（與 SpectraView 互通）、對庫比對未知譜並輸出排名
Mixture Analysis	混合光譜的成分分析：非負最小平方（NNLS）解 mixture ≈ Σ cᵢ·refᵢ，回報係數、比例與 R²
Aquagram	Aquaphotomics：在水的 12 個特徵吸收帶（WAMACs）取正規化吸光度，畫 12 軸雷達圖（raw / SNV / aquagram 三種正規化）

輸出的 Table 採 Orange-Spectroscopy 慣例（欄名＝波長/波數、每列一條光譜），可直接接其 Spectra 檢視 widget 或 PCA / PLS 等化學計量學流程。

安裝 Install

⚠️ 先確認你的 Orange 是哪一種——桌面版 App 與 pip 版是不同的 Python 環境，裝錯不會出現 widgets。

A. 桌面版 App（orangedatamining.com 下載的獨立程式）： Options ▸ Add-ons… ▸ Add more… 輸入 orange-spectra（只吃 PyPI 名稱，不吃 git 網址）→ 打勾 → OK → 重啟。 需先發佈到 PyPI（見 PUBLISHING.md）；發佈前可用 App 的 Python 執行下面 pip 指令裝進 App 環境。

B. pip 版 Orange（python -m Orange.canvas 啟動）：

pip install orange3 PyQt5 PyQtWebEngine   # Orange + Qt 綁定（缺 Qt 會開不了）
pip install "git+https://github.com/Tai-ShengYeh/spectraview.git#subdirectory=orange-spectra"
python -m Orange.canvas                    # 用這個開，別點 App 圖示（是另一個環境）

重新啟動 Orange，工具箱會出現 Spectra 分類（5 個 widgets）。 Restart Orange; a Spectra category (5 widgets) appears in the toolbox.

常見錯誤：ImportError: PyQt5 … not available = 少裝 Qt，補 pip install PyQt5 PyQtWebEngine。

快速上手 Quick start

1. 拖出 Import Spectrum URL，輸入 4119（IRUG 的 PB15 酞菁藍 Raman 譜）→ Fetch。
2. 多抓幾條參考譜 → 接 Spectral Library 的 Spectra 輸入 → Add input spectra to library → Save… 存成 .speclib。
3. 未知譜接 Library 的 Query 輸入 → Hits 輸出就是排名表。
4. 混合譜接 Mixture Analysis 的 Mixture、參考譜（或 Library 的 Library 輸出）接 References → 得成分比例與 R²。

測試 Tests

python tests/test_core.py                                   # 純邏輯（免 GUI）
QT_QPA_PLATFORM=offscreen python tests/test_widgets.py      # widget 煙霧測試

注意 Notes

• URL 匯入支援 IRUG 詳情頁（jqPlot 內嵌資料）、SOPRANO 頁（Dygraph 內嵌資料）、 JCAMP-DX（AFFN 純數字格式）與兩欄 CSV/TSV。壓縮的 JCAMP（SQZ/DIF）請改用 SpectraView 開啟後匯出。
• 每個 widget 左上角有「ℹ 說明 How to use」盒子與「📖 開啟線上教學」按鈕。
• 安裝一次即可，更新才需重裝（--upgrade --force-reinstall --no-deps）＋重開 Orange。
• 教學網頁（含真實數據 Demo）：https://tai-shengyeh.github.io/spectraview/orange.html（English）