orange-plsda-addon

PLS-DA & OPLS-DA für Orange3 — Leistungsstarke Klassifikations-Widgets für die multivariate Analyse (Chemometrie, Biomarker-Findung).

• PLS-DA (Partial Least Squares Discriminant Analysis) — Klassifikation mittels PLSRegression mit One-hot-kodiertem Ziel
• OPLS-DA (Orthogonal PLS-DA, Trygg & Wold 2002) — trennt prädiktive von orthogonaler (klassen-unabhängiger) Variation

Beide Widgets erscheinen in Orange unter der Kategorie PLS-DA, direkt neben dem eingebauten PLS-R.

---

⚡ Automatischer Installer (empfohlen)

Dieses Paket ist Teil des WellerLab-Monorepos (github.com/philippweller/WellerLab). Der gemeinsame Installer orange-install.py (auf Repo-Ebene) findet Oranges eigenes Python automatisch und installiert das Paket korrekt (macOS / Windows / Linux). Kein manuelles Pfad-Raten mehr:

# PLS-DA installieren:
python orange-install.py plsda

# NMR-Add-on installieren:
python orange-install.py nmr

# nur zeigen, welches Python erkannt wurde:
python orange-install.py --show

# bestehende Installation prüfen:
python orange-install.py --check plsda

Läuft mit jedem Python (nur Standardbibliothek). Klappt die Auto-Erkennung ausnahmsweise nicht:

python orange-install.py --python /pfad/zum/orange/python

▶️ Direkt ausführen ohne Clone (das Add-on wird trotzdem via GitHub installiert):

curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/philippweller/WellerLab/main/orange-install.py -o orange-install.py && python3 orange-install.py plsda

Das Tool bedient auch den Windows---no-user-Fall automatisch, sodass das Add-on in Oranges eigene site-packages landet statt in die unsichtbare User-Site.

---

📋 Voraussetzungen

Voraussetzung	Hinweis
Orange3 ≥ 3.40 installiert	Unter Hilfe → Über die Version prüfen
Internet-Zugriff auf GitHub	zum Herunterladen des Repos

⚠️ Wichtig: Es muss immer Oranges eigenes Python verwendet werden, nicht /usr/bin/python3! Sonst wird das Add-on in der falschen Python-Umgebung installiert und Orange findet es nicht.

---

🔍 Oranges eingebettetes Python finden (wichtig!)

Der Pfad zu Oranges Python hängt von der Orange-Version ab. Je nachdem ob Orange mit Python 3.11 oder 3.12 gebaut wurde, heißt das Binary python3, python3.11 oder python3.12.

Sichere Methode — das echte Python-Binary lokalisieren:

ls /Applications/Orange.app/Contents/Frameworks/Python.framework/Versions/
# zeigt z.B.:  3.12   und   Current -> 3.12

# Dann das echte Binary finden:
find /Applications/Orange.app -name "python3*" -type f 2>/dev/null | grep -i bin

Typische gültige Pfade (je nach Version):

Orange mit	Python-Binary
Python 3.11	.../Versions/Current/bin/python3
Python 3.11 (nur versioniert)	.../Versions/Current/bin/python3.11
Python 3.12	.../Versions/Current/bin/python3.12
Intel-Mac mit 3.12	.../Versions/Current/bin/python3.12-intel64

Current ist ein Symlink zur installierten Version (Current -> 3.12), funktioniert also in allen Fällen. Ersetze in den Befehlen unten ORANGEPY durch den gefundenen Pfad.

---

🚀 Installation (Schritt für Schritt)

macOS (Orange.app als .app installiert)

Schritt 1 — Oranges eingebettetes Python prüfen:

Öffne einen Terminal und führe aus (nutze den Pfad aus dem Abschnitt Oranges eingebettetes Python finden; je nach Orange-Version heißt das Binary python3, python3.11 oder python3.12):

/Applications/Orange.app/Contents/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/bin/python3.12 --version

Es sollte eine Python-3.x-Version ausgeben. Notiere dir diesen Pfad — er wird in den nächsten Schritten gebraucht (im Folgenden abgekürzt als ORANGEPY).

Schritt 2 — Add-on von GitHub installieren:

ORANGEPY=/Applications/Orange.app/Contents/Frameworks/Python.framework/Versions/Current/bin/python3.12
$ORANGEPY -m pip install git+https://github.com/philippweller/WellerLab.git@main#subdirectory=orange-plsda-addon

Schritt 3 — Installation prüfen (optional, empfohlen):

$ORANGEPY -c "from orangeplsda import PLSDALearner; print('OK')"

Wenn OK erscheint, ist das Paket korrekt installiert.

Schritt 4 — In Orange öffnen:

Orange starten. Die Widgets PLS-DA und OPLS-DA erscheinen in der Widget-Leiste unter PLS-DA. Du musst Orange nicht neu starten — es reicht, das Canvas-Fenster erneut zu öffnen.

---

Windows (Orange über den "Orange Command Prompt")

Schritt 1 — Orange Command Prompt öffnen:

Startmenü → Orange → Orange Command Prompt (bzw. Qt Console).

Schritt 2 — Installieren:

python -m pip install git+https://github.com/philippweller/WellerLab.git@main#subdirectory=orange-plsda-addon

Schritt 3 — Prüfen:

python -c "from orangeplsda import PLSDALearner; print('OK')"

Schritt 4 — Orange öffnen und unter PLS-DA nachschauen.

---

Linux / Conda / Venv

Schritt 1 — Umgebung aktivieren:

conda activate orange    # oder: source .venv/bin/activate

Schritt 2 — Installieren:

pip install git+https://github.com/philippweller/WellerLab.git@main#subdirectory=orange-plsda-addon

Schritt 3 — Prüfen:

python -c "from orangeplsda import PLSDALearner; print('OK')"

Schritt 4 — Orange starten und das Widget suchen.

---

🔄 Updates einspielen (bei neuen Versionen)

Auf jedem Rechner, auf dem das Add-on installiert ist:

Schritt 1 — aktuelle Version installieren (Überschreibt die alte):

# macOS
$ORANGEPY -m pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/philippweller/WellerLab.git@main#subdirectory=orange-plsda-addon

# Windows / Linux / Conda
python -m pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/philippweller/WellerLab.git@main#subdirectory=orange-plsda-addon

Schritt 2 — Orange neu starten, damit die neuen Widget-Versionen geladen werden.

Hinweis: --force-reinstall wird empfohlen, da Orange die Widgets beim Canvas-Öffnen zwischenspeichert.

---

🗑️ Deinstallation

# macOS
$ORANGEPY -m pip uninstall orangeplsda -y

# Windows / Linux / Conda
python -m pip uninstall orangeplsda -y

Danach Orange neu starten — die Widgets sind verschwunden.

---

🧪 Kurzer Funktionstest (Entwickler)

Mit Oranges Python auf einem der mitgelieferten Datensätze:

python -c "
from Orange.data import Table
from Orange.base import Model
from orangeplsda import PLSDALearner
from orangeplsda.oplsda_learner import OPLSDALearner
for L, kw in [(PLSDALearner, dict(n_components=2)),
              (OPLSDALearner, dict(n_components=1, n_ortho=1))]:
    t = Table('iris'); m = L(**kw)(t)
    p, pr = m(t, ret=Model.ValueProbs)
    print(L.__name__, round(float((p == t.Y.flatten()).mean()), 3), pr.shape)
"

Erwartete Ausgabe (beispielhaft, kann leicht abweichen):

PLSDALearner 0.813 (150, 3)
OPLSDALearner 0.8 (150, 3)

---

🛠️ Fehlerbehebung

Problem	Lösung
"python3 ist nicht vorhanden" / Datei nicht gefunden	Das Binary heißt je nach Orange-Version python3, python3.11 oder python3.12 (z.B. Orange mit Python 3.12). Mit find /Applications/Orange.app -name "python3*" -type f den echten Namen ermitteln.
from orangeplsda import ... schlägt fehl	Du hast /usr/bin/python3 statt Oranges Python benutzt. Siehe Schritt 1 oben.
Widget erscheint nicht in Orange	Gelöschte *.egg-info/__pycache__ prüfen; Orange vollständig neu starten; pip show orangeplsda ausführen.
Host key verification failed beim pip install	Läuft nur bei einem gepushten SSH-Workflow, nicht bei git+https://. Nutze die https-URL.
alte Version bleibt	pip install --force-reinstall verwenden (siehe Updates).

---

📦 Entwicklung / Repo lokal ausprobieren

git clone git@github.com:philippweller/orange-plsda-addon.git
cd orange-plsda-addon
# Editable-Install mit Oranges Python:
$ORANGEPY -m pip install -e .

---

📄 Lizenz

MIT © Philipp Weller