paper-harness-cli 0.9.0

CLI kernel for bootstrapping and maintaining paper-harness projects

paperops

paperops は、AI エージェントと論文を書くためのプロジェクトハーネスである。

人間が template/ を手でコピーして使う道具ではなく、pops CLI で論文プロジェクトを初期化・診断・更新する。

まず使う

新規論文プロジェクト:

uvx --from paper-harness-cli pops init paper-my-topic
cd paper-my-topic
uvx --from paper-harness-cli pops doctor

既存プロジェクトを pops 管理に寄せる:

uvx --from paper-harness-cli pops setup
uvx --from paper-harness-cli pops doctor

pops は常に uvx --from paper-harness-cli pops ... で実行する。.venv は CLI 用ではなく、論文プロジェクト側の Python 実行環境が必要な場合に make venv で作る。

何を提供するか

• template/: 個別論文リポジトリに展開される scaffold
• src/paperops/: scaffold を初期化・診断・更新する pops CLI
• .github/workflows/: 下流論文リポジトリから呼び出せる reusable workflow
• .agents/skills/, .claude/skills/: paperops 自体を保守するための skill
• docs/: CLI、配布、アーキテクチャ、変更ルール

論文プロジェクトの基本モデル

下流の論文リポジトリでは、原稿だけでなく中間層も明示的に持つ。

• evidence/: result / figure / source card の正本
• claims/: claim / scientific gate / argument card の正本
• review/: 人間レビュー、査読コメント、返答のカード
• requests/: 追加解析や改稿依頼のカード
• notes/views/: pure overview view と controlled authoring view
• contracts/: section ごとの読者質問、入力、出力、禁止構造
• workflow/: 全体状態、section 状態、review loop、stale 伝播
• manuscript/writing-profile.yml: 論文種別・投稿先ごとの overlay
• manuscript/ja, manuscript/en: block ID で対応する原稿
• refs/: 文献サマリー、外部 source、外部 project link
• refs/imports/: 外部 export bundle の source index / integrity / provenance state
• _handoff/: 人間から AI へ渡す未整理ファイルの一時置き場
• _archives/: 同じ repo で1から書き直すために封印した過去稿 archive

人間は主に原稿レベルのレビューや自然文の指示を出す。Agent はそれを review/feedback/ の card にし、必要なら claim / gate / evidence / request / manuscript へ遡って反映する。本文生成の前には、必要に応じて pops workflow status、contracts/、writing-profile.yml を確認し、plan-figure-story で visual obligation と主図構成を決めてから、card と controlled view から paper_ir を作り、Results / Discussion / Methods の section compiler を通す。

よく使うコマンド

uvx --from paper-harness-cli pops version
uvx --from paper-harness-cli pops doctor
uvx --from paper-harness-cli pops update-paperops --plan
uvx --from paper-harness-cli pops update-paperops --apply
uvx --from paper-harness-cli pops links check
uvx --from paper-harness-cli pops scratch archive --label before-rewrite
uvx --from paper-harness-cli pops scratch reset --yes

下流プロジェクトでの確認:

make ci
make audit
make pre-submit
make figure-reference-check
make figure-obligation-check

paperops 本体の確認:

make venv
make smoke

詳細

• CLI: docs/cli.md
• 配布とリリース: docs/distribution.md
• アーキテクチャ: docs/architecture.md
• Skill 一覧: docs/skill-catalog.md
• 更新方針: docs/upgrade-policy.md
• 変更ルール: docs/change-policy.md, docs/triage-rules.md