pdb4ambermini

基于 pdb4amber 的精简工具（移除了对 Amber 可执行程序的依赖），用于清理/准备 PDB/CIF 结构，让其更适合 Amber 力场。支持保留输入文件中的 SEQRES 信息。

功能

• 读取本地文件、stdin、URL 或 PDB ID（依赖 ParmEd 下载）。
• 自动识别并重命名组氨酸（HIS → HID/HIE/HIP），可选常 pH 模式（ASP/GLU/HIS → AS4/GL4/HIP）。
• 检测二硫键并重命名 CYS → CYX，可选择写入/关闭 S–S CONECT 记录。
• 识别残基缺口、非标准残基；输出重编号对照表、非标准残基列表、二硫键列表。
• 支持删除氢、去水、按掩码 strip 原子/残基、模型选择、altloc 处理（保留/丢弃/按占据度）。
• 支持残基突变（如 -m "3-ALA,4-GLU"），输出为 PDB 或 MOL2。
• 新增：--keep-seqres 保留输入 PDB 中的 SEQRES 行并保持原始残基编号，便于后续与序列/补残流程对齐。

安装

pip install pdb4ambermini

命令行示例

# 查看帮助
pdb4ambermini --help

# 最简单用法，输出到文件
pdb4ambermini input.pdb -o cleaned.pdb

# 仅保留蛋白并去水
pdb4ambermini input.pdb -p -d -o protein.pdb

# 按掩码删除原子/残基
pdb4ambermini input.pdb -s ':LIG,HOH' -o stripped.pdb

# 处理 PDB ID，常 pH 重命名，按模型选择
pdb4ambermini 1tsu --pdbid --constantph --model 1 -o out.pdb

# 突变并保留 altloc
pdb4ambermini input.pdb -m "10-ALA,15-GLU" --keep-altlocs -o mutated.pdb

# 保留理论完整序列 SEQRES，同时保持原始残基编号
pdb4ambermini input.pdb --keep-seqres -o with_seqres.pdb

主要参数

• -i/--in 输入文件（默认 stdin）；-o/--out 输出文件（默认 stdout）
• -y/--nohyd 去氢；-d/--dry 去水；-s/--strip 指定掩码 strip 原子/残基
• -m/--mutate 突变；-p 仅保留蛋白；-a 仅保留 Amber 支持残基
• --constantph 常 pH 重命名；--most-populous altloc 取占据度最大；--keep-altlocs 保留 altloc
• --pdbid 以 PDB ID 下载；--model 指定模型（负数保留全部）
• --no-conect 不写二硫键 CONECT；--noter 不写 TER
• --keep-seqres 保留输入 PDB 的 SEQRES 行并放在输出开头

Python 调用示例

from pdb4ambermini.pdb4amber import run

ns_names, gaps, disulfides = run(
    arg_pdbout="cleaned.pdb",
    arg_pdbin="input.pdb",   # 可为路径、类文件对象或 parmed.Structure
    arg_nohyd=False,
    arg_dry=False,
    arg_strip_atom_mask=None,
    arg_mutate_string=None,
    arg_prot=False,
    arg_amber_compatible_residues=False,
    arg_constph=False,
    arg_mostpop=False,
    arg_model=0,
    arg_keep_altlocs=False,
    arg_logfile="pdb4ambermini.log",
    arg_conect=True,
    arg_noter=False,
    arg_keep_seqres=True,
)
print("非标准残基:", ns_names)
print("缺口:", gaps)
print("二硫键:", disulfides)

许可

MIT License。项目基于 pdb4amber（BSD-3-Clause，AMBER 项目），原始源码的版权与 BSD 条款已在 LICENSE 中注明。