photfun 0.1.4

PHOTfun is an interactive adaptation of the DAOPHOT

PHOTfun - PSF Photometry and IFU Spectral Extraction Toolkit

Description

PHOTfun is a Python package designed to simplify PSF photometry workflows using the DAOPHOT-II and ALLSTAR suite. It provides an intuitive graphical interface for executing essential photometric tasks and includes a dedicated extension, PHOTcube, for extracting stellar spectra from IFU datacubes. The GUI is built using the Shiny web framework for Python, allowing users to interactively manage every step of the process, from source detection to photometric analysis.

In crowded stellar fields, PHOTcube enables efficient and accurate spectral extraction via monochromatic slicing and PSF photometry, reconstructing high-fidelity stellar spectra.

Key Features

• Shiny-based graphical interface for running DAOPHOT-II routines interactively.
• Executes FIND, PICK, PHOT, PSF, SUBTRACT, and DAOMATCH for full PSF photometry workflows.
• PHOTcube extension for IFU datacube slicing and spectral extraction.
• Visual inspection and rejection of PSF stars via GUI.
• Interoperability with external tools like TOPCAT and DS9 through SAMP.

Credits

• Developer: Carlos Quezada
• Inspired by the work of Alvaro Valenzuela
• Built upon DAOPHOT-II and ALLSTAR by Peter Stetson

Installation

1. Clone this repository.
2. Make sure the dependencies listed in setup.py are installed.
3. Install the package:

   pip install .
   

4. Run the GUI using the command:

   photfun
   

Dependencies

The package depends on the following libraries:

• astropy==7.0.1
• faicons==0.2.2
• imageio==2.37.0
• joblib==1.4.2
• matplotlib==3.10.1
• nest_asyncio==1.6.0
• numpy==2.2.5
• pandas==2.2.3
• Pillow==11.2.1
• scipy==1.15.2
• shiny==1.4.0
• tqdm==4.67.1

Usage Instructions

PHOTfun GUI (Photometry)

1. Run photfun from the command line.
2. Select a .fits file or set of images to process.
3. Use the interface to execute FIND, PICK, PHOT, PSF modeling, and photometry steps.
4. Interactively inspect PSF stars and reject outliers.

PHOTcube (IFU Spectra Extraction)

1. Load a datacube in PHOTfun.
2. Automatically slice the datacube into monochromatic images.
3. Apply PSF photometry on each slice using previously defined source lists.
4. Extract and concatenate monochromatic fluxes into 1D spectra for each target.

Contributions

Contributions are welcome! To contribute:

1. Fork the repository.
2. Create a new branch:

   git checkout -b feature/my-feature
   

3. Make your changes and commit them:

   git commit -am 'Add my feature'
   

4. Push to your branch:

   git push origin feature/my-feature
   

5. Open a pull request.

License

This project is licensed under the MIT License. See the LICENSE file for details.

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(SPANISH) PHOTfun - Fotometría PSF y Extracción Espectral desde Cubos IFU

Descripción

PHOTfun es un paquete en Python que facilita la realización de fotometría PSF usando DAOPHOT-II y ALLSTAR, con una interfaz gráfica intuitiva desarrollada con Shiny. Incluye una extensión llamada PHOTcube, especialmente diseñada para la extracción espectral desde cubos de datos IFU.

PHOTcube permite realizar una fotometría por PSF sobre imágenes monocromáticas obtenidas a partir de un cubo IFU, y luego reconstruir los espectros para cada fuente detectada, optimizando la separación de objetos en campos estelares densos.

Características principales

• Interfaz gráfica basada en Shiny para ejecutar comandos de DAOPHOT-II.
• Incluye rutinas FIND, PICK, PHOT, PSF, SUBTRACT y DAOMATCH.
• Herramienta visual para inspección y rechazo de estrellas PSF.
• Soporte SAMP para interoperabilidad con herramientas como TOPCAT y DS9.
• PHOTcube para corte del cubo IFU y extracción espectral automatizada.

Créditos

• Desarrollador: Carlos Quezada
• Inspirado en el trabajo de Alvaro Valenzuela
• Basado en DAOPHOT-II y ALLSTAR, software de Peter Stetson

Instalación

1. Clona este repositorio.
2. Asegúrate de tener las dependencias de setup.py instaladas.
3. Instala el paquete con:

   pip install .
   

4. Ejecuta la interfaz con:

   photfun
   

Dependencias

El paquete requiere las siguientes librerías:

• astropy==7.0.1
• faicons==0.2.2
• imageio==2.37.0
• joblib==1.4.2
• matplotlib==3.10.1
• nest_asyncio==1.6.0
• numpy==2.2.5
• pandas==2.2.3
• Pillow==11.2.1
• scipy==1.15.2
• shiny==1.4.0
• tqdm==4.67.1

Instrucciones de uso

Interfaz PHOTfun (Fotometría)

1. Ejecuta photfun desde la terminal.
2. Selecciona archivos .fits o conjuntos de imágenes para procesar.
3. Ejecuta FIND, PICK, PHOT, PSF y otros pasos desde la interfaz.
4. Revisa visualmente las estrellas PSF y descarta las inadecuadas.

PHOTcube (Extracción Espectral desde Cubos IFU)

1. Carga un cubo en la interfaz PHOTfun.
2. El cubo será dividido automáticamente en imágenes monocromáticas.
3. Aplica fotometría PSF usando listas maestras de fuentes.
4. Los flujos monocromáticos se concatenan para formar los espectros de cada estrella.

Contribuciones

¡Las contribuciones son bienvenidas! Para contribuir:

1. Haz un fork del repositorio.
2. Crea una nueva rama:

   git checkout -b feature/nueva-funcionalidad
   

3. Realiza tus cambios y haz commit:

   git commit -am 'Agrega nueva funcionalidad'
   

4. Haz push de tu rama:

   git push origin feature/nueva-funcionalidad
   

5. Abre un pull request.

Licencia

Este proyecto está bajo la Licencia MIT. Consulta el archivo LICENSE para más detalles.