pubmad 0.25

Useful tools to work with biology

ProgettoBIO

To run the server

export FLASK_APP=server

flask run

Then head over to the react client (https://github.com/Pier297/BioSearch) and execute:

npm start

OBIETTIVI:

• fixare pymed!
• aggiungere pesi agli edges
• visualizzazione con dash (mettere archi più o meno grossi a seconda del peso, link sugli archi)
• algoritmi di centralità e communities (già integrati in network x)
• migliorare throttler
• Aggiungere biobert QA

Secondario:

• [EFFICIENZA] Per estrarre le relazioni converrebbe chiamare il modello in batch e non una singola frase alla volta
• In qualche modo pulire la cache
• Vedere pacchetto pip e caricare su hugginface (o drive) i pesi del modello di biobert REL