pycodon 0.1.1

read DNA sequences

pycodon

Проект группы студентов КФУ лаборатории Хемоинформатика и молекулярное моделирование.

Проект дает возможность проводить операции с последовательностями ДНК и РНК in pythonic way.

Установка

Для установки запустите следующую команду

pip install pycodon

Описание проекта

Пока разработано два класса: Sequence и Metasequence.

Metasequence - класс, экземпляр которого содержит в себе все последовательности нуклеотидов с учетом их неоднозначности, причем в графовом виде. Экземпляр Metasequence подходит как для ДНК, так и для РНК.

Методы Metasequence

1. Создание всех возможных последовательностей посредством обработки неоднозначных нуклеотидов:

metaseq.make_sequences()

2. Поиск позиций неоднозначных нуклетидов

metaseq.ambiguous_nucleotides()

3. Расчет длины последовательности:

metaseq.count_nucleotides()

Sequence - класс, экземпляр которого является строко-подобным, содержит в себе строго одну последовательность нуклеотидов, исключая неоднозначности, что позволяет расширить функционал строк с учетом необходимости проведения различных модернизаций: транскрипций, трансляций, расчета рамок считывания и т.д.

Методы Sequence

1. Транскрипция последовательности, как из ДНК в РНК, так и наоброт:

seq.transcription()

2. Расчет количества каждого нуклеотида в последовательности:

seq.nucleotide_counter

3. Поиск рамки считывания ДНК последовательности:

seq.make_frames()

4. Трансляция последовательности в белок:

seq.protein

5. Длина белковой последовательности:

seq.aminoacids()

Для чтения файлов используйте функцию

from pycodon import read_file

read_file('path/to/file')