dmf-g16sub: DMF用 g16sub ラッパー （岡崎スパコン専用）

Overview

• Direct MaxFlux 法 (DMF)という名の両端指定型遷移状態探索法を行うためのものです
• dmf-g16 というGaussianを使ってDMFを簡便に実行するアプリがあります
• 一方、岡崎のスパコンには g16sub というスパコンの設定込みで簡便にGaussianを実行するコマンドがあります
• この dmf-g16sub は g16sub 同様の使用方法で dmf-g16 を実行するコマンドです

注意

dmf-g16sub は甲田個人が作成したものであり、スパコン公式のものではありません。問い合わせは計算センターではなく koda at ims.ac.jp にお願いします。

Requirements

特にないです。

Installation

次の2行を実行してください。スパコンのファイルシステムの構成の都合で、多少時間がかかります。

python3.9 -m pip install --user -U rccsdmfg16sub
dmf-g16install

• Python パッケージ rccsdmfg16sub は依存関係が何もないので直でインストールしても環境をほとんど汚しません。それを避けたい方は仮想環境をおつくり下さい。
• コマンド dmf-g16 は自動で dmfg16 という名の dmf-g16 用 conda 仮想環境を構築するものです。自前で仮想環境を用意する場合も名前は dmfg16 にしてください。

Usage

g16sub を dmf-g16sub に置き換えるだけです。QST2/3のインプットを与えると dmf-g16 を使ってTS探索をします。スパコンの設定等も g16sub 同様に自動で行います。

dmf-g16sub QST.com

Options

• g16sub と同じオプションを同じ意味で使えます。
• dmf-g16 のオプションは冒頭に --dmf- を付ければ使えます（ただし --exeと--dirは固定のため使えません）

例

インプットや投稿スクリプトを作成するだけ & DMF のエネルギー評価点を5に設定

dmf-g16sub -P --dmf-npoints 5 QST.com

Citation

dmf-g16subをご利用の際はdmf-g16 の論文（使用方法の詳細もこちら）を引用して頂けると幸いです

1. S.-i. Koda and S. Saito, dmf-g16: A Gaussian Wrapper for Reliable Double-Ended Transition-State Searches with Native Input Formats, ChemRxiv (2025). doi: 10.26434/chemrxiv.10001592/v1

DMFのベースとなる理論はこちら（任意ですがもし引用して頂けると感謝感激です）

1. S.-i. Koda and S. Saito, Locating Transition States by Variational Reaction Path Optimization with an Energy-Derivative-Free Objective Function, JCTC, 20, 2798–2811 (2024). doi: 10.1021/acs.jctc.3c01246
2. S.-i. Koda and S. Saito, Flat-bottom Elastic Network Model for Generating Improved Plausible Reaction Paths, JCTC, 20, 7176−7187 (2024). doi: 10.1021/acs.jctc.4c00792
3. S.-i. Koda and S. Saito, Correlated Flat-bottom Elastic Network Model for Improved Bond Rearrangement in Reaction Paths, JCTC, 21, 3513−3522 (2025). doi: 10.1021/acs.jctc.4c01549

License

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