ridvanvladi 0.1.1

A pure Python implementation of the MUSCLE Multiple Sequence Alignment (MSA) algorithm

RidvanVladi (MUSCLE Çoklu Dizi Hizalaması)

RidvanVladi, biyoinformatik projeleri için geliştirilmiş, MUSCLE (Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation) Çoklu Dizi Hizalaması algoritmasının Python uygulamasıdır.

---

🧬 Algoritma Özellikleri

• k-mer Mesafesi Hesaplama: Diziler arasındaki benzerliği hizalama yapmadan hızlıca tahmin eder.
• UPGMA Rehber Ağacı: Mesafe matrisini ikili bir rehber ağaca dönüştürerek birleşme sırasını belirler.
• Log-Expectation (LE) Skoru: İki profil sütununun benzerliğini sütun doluluk oranlarına (occupancy) ve Bayesian sözde sayımlarına (pseudo-counts) göre puanlar.
• Dinamik Konum-Özgü Boşluk Cezası: Hizalama esnasında boşluk cezalarını sütunların boşluk oranlarına göre dinamik olarak ölçeklendirir.

---

🚀 Kurulum (Installation)

Paketi internet üzerinden doğrudan indirmek için:

pip install ridvanvladi

---

💻 Kullanım (Usage)

Komut Satırı Arayüzü (CLI)

# Otomatik dizi türü tespitiyle hizalama yapma
python -m ridvanvladi sample_dna.fasta

# Çıktıyı dosyaya kaydetme
python -m ridvanvladi sample_dna.fasta -o cift_hizali.fasta

Python API Kullanımı

from ridvanvladi import Aligner

sequences = ["HELLOMWORLD", "HELLOMWLD", "HELOMWORLD"]
aligner = Aligner(seq_type="protein")
aligned = aligner.align(sequences)

for seq in aligned:
    print(seq)