siemensfile 0.1.30

Paquete para leer archivos .dat de Siemens y realizar reconstrucciones de imágenes.

SIEMENSFile

SIEMENSFile es un paquete para previsualizar, leer y procesar archivos .dat de Siemens y realizar reconstrucciones de imagenes de resonancia magnetica (MRI). Este paquete facilita la extraccion de datos del rawdata y el metadata y su reconstruccion preliminar en imagenes utilizando transformadas rapidas de Fourier (FFT). La unica reconstruccion implementada es la cartesiana; proximamente se implementara la reconstruccion no cartesiana.

Instalacion

Puedes instalar el paquete directamente desde PyPI con el siguiente comando:

pip install siemensfile

Importar la funcion siemensfile desde el paquete

from siemensfile import siemensfile

Usar la funcion siemensfile para procesar un archivo .dat

[metadata, rawdata] = siemensfile(r'test/siemens_file_test_cartesian_sample.dat', reconstruccion="Cartesiana")

Resultados

Los resultados se guardaran en la misma ubicacion donde se encuentra el archivo .dat, dentro de una carpeta llamada output. En esta carpeta, encontraras un archivo DICOM (.dcm), el Metada en formato .Json, junto con las imagenes reconstruidas y el espacio K en formato .png.

Usar la funcion para mostrar la estructura de rawdata

rawdata.shape

Usar la funcion para guardar la metadata en un archivo .json

import json
import os

def guardar_metadata_en_json(metadata, nombre_archivo):
    """
    Funcion para guardar el contenido de metadata en un archivo .json.

    Parameters:
    - metadata: Lista de diccionarios que contiene los metadatos.
    - nombre_archivo: Nombre del archivo .json donde se guardara la informacion.
    """
    # Asegurarse de que el archivo tiene la extension .json
    if not nombre_archivo.endswith('.json'):
        nombre_archivo += '.json'

    # Guardar metadata en un archivo .json
    try:
        with open(nombre_archivo, 'w') as file:
            json.dump(metadata, file, indent=4)
        print(f"Metadata guardada exitosamente en {nombre_archivo}")
    except Exception as e:
        print(f"Error al guardar metadata en el archivo .json: {str(e)}")


guardar_metadata_en_json(metadata, "metadatos_scan")

Creditos y Reconocimientos

Este proyecto utiliza como base el paquete twixtools, desarrollado por Philipp Ehses. twixtools proporciona la funcionalidad central para la lectura de archivos .dat de Siemens, y este proyecto expande sus capacidades para incluir reconstrucciones de imagenes.

Agradecemos enormemente a los autores y colaboradores de twixtools por su trabajo, que ha permitido el desarrollo de este paquete.

Si estas buscando una solucion mas completa para leer y escribir archivos .dat de Siemens, te recomendamos que tambien consultes twixtools directamente. https://github.com/pehses/twixtools