spatial-cluster-compare 0.1.1

Comparaison automatisée d'algorithmes de clustering pour données de spatial proteomics / cytométrie

spatial-cluster-compare

Pipeline de comparaison automatisée d'algorithmes de clustering pour données de spatial proteomics, cytométrie ou tout tableau de features numériques.

Issu d'un notebook d'analyse (Comparaison_des_clusters.ipynb) et restructuré en package réutilisable, dans le même esprit que macsima-qc.

Deux façons d'utiliser ce repo

• notebooks/Comparaison_des_clusters.ipynb : le pipeline complet en notebook autonome, sans dépendance au package — pratique pour copier-coller le code directement dans ton propre environnement sans installer la lib.
• spatial_cluster_compare (le package) : la même logique encapsulée en fonctions réutilisables, testées, et installables via pip.

La documentation détaillée pas-à-pas (formules, justification biologique de chaque étape) est disponible dans docs/02_comparaison_cluster.md.

Ce que fait le pipeline

1. Test de clusterabilité (statistique de Hopkins) avant/après normalisation
2. Normalisation conditionnelle : StandardScaler appliqué uniquement si cela améliore la structure de clusters
3. Réduction de dimension (PCA, variance expliquée paramétrable)
4. Sélection automatique de k via un score composite (Silhouette, Davies-Bouldin, Calinski-Harabasz)
5. Benchmark multi-algorithmes : KMeans, Agglomerative, Spectral, GMM, DBSCAN (eps estimé automatiquement par la méthode du coude)
6. Stabilité bootstrap (ARI moyen) pour chaque méthode
7. Sélection automatique de la meilleure méthode selon un score composite normalisé
8. Visualisations : bar chart comparatif des métriques, heatmap d'expression moyenne par cluster

Format des données attendues

Export depuis MACSiQView

Dans MACSiQView, l'onglet "Feature Table" permet de sélectionner les descripteurs à inclure avant export .csv. Pour ce pipeline de clustering (contrairement à la QC de segmentation morphologique décrite dans macsima-qc, qui exclut les intensités de fluorescence), il faut au contraire sélectionner les intensités de biomarqueurs (colonnes du type CD8 Biomarker Exp, CD74 Biomarker Exp, etc.), à l'exclusion ou non des descripteurs morphologiques (Cell Size...) selon que tu veuilles les inclure dans le clustering.

Structure du CSV

• Une ligne par cellule, une colonne par marqueur/descripteur.
• Les colonnes numériques (float64/int64) sont automatiquement utilisées comme features de clustering via select_dtypes — pas besoin de les spécifier manuellement.
• Les colonnes non numériques (ID, nom de ROI, métadonnées texte) sont ignorées automatiquement et n'ont pas besoin d'être supprimées au préalable.
• Attention : si une colonne numérique n'est pas un marqueur biologique (ex: un Cell_ID entier, des coordonnées X/Y de centroïde), elle sera quand même incluse à tort dans le clustering. Dans ce cas, retire-la explicitement avant d'appeler compare_clusters, par exemple :

  data = data.drop(columns=["Cell_ID", "Centroid X", "Centroid Y"])
  

• Espaces parasites dans les noms de colonnes : MACSiQView peut générer des espaces en début/fin de nom de colonne. Pense à nettoyer si besoin (data.columns = data.columns.str.strip()), comme dans le protocole de QC de segmentation.
• Valeurs manquantes (NaN) : non gérées automatiquement par le pipeline. Nettoyer avant (data.dropna()) ou imputer si certaines cellules ont des valeurs manquantes sur un ou plusieurs marqueurs.
• Taille du jeu de données : prévoir au moins quelques centaines de cellules pour que la statistique de Hopkins et le bootstrap de stabilité (ARI) soient fiables. Spectral Clustering peut devenir lent au-delà de ~10-20k lignes.

Installation

pip install -e .

(Publication sur PyPI à faire plus tard, comme pour macsima-qc.)

Usage rapide

import pandas as pd
from spatial_cluster_compare import compare_clusters, plot_comparison_bars, plot_cluster_heatmap

data = pd.read_csv("Cluster_ImmuneCell.csv")
result = compare_clusters(data)

print(result.results_df)
print(f"Meilleure méthode : {result.best_method}")

plot_comparison_bars(result.results_df)
plot_cluster_heatmap(result.X_original, result.best_labels, method_name=result.best_method)

Usage avancé (étape par étape)

from spatial_cluster_compare import (
    auto_scale, find_best_k, run_benchmark, select_best_method
)
from sklearn.decomposition import PCA

X = data.select_dtypes(include=["float64", "int64"])
X_best, report = auto_scale(X)

pca = PCA(n_components=0.9)
X_reduced = pca.fit_transform(X_best)

optimal_k, k_results = find_best_k(X_reduced, range(2, 10))

results_df, labels_per_method = run_benchmark(X_reduced, optimal_k=optimal_k)
best_method, best_labels = select_best_method(results_df, labels_per_method)

Correction apportée par rapport au notebook d'origine

Le notebook original référençait best_labels et best_method dans la cellule de heatmap sans jamais les définir explicitement. La fonction select_best_method corrige ce point en calculant un score composite normalisé (Silhouette ↑, Davies-Bouldin ↓ inversé, Calinski-Harabasz ↑, Stabilité ARI ↑) pour désigner objectivement la meilleure méthode.

Prochaines pistes

• Export PDF/figure automatique du rapport de comparaison
• Support de jeux de données multi-batch (comparaison de clustering entre runs)
• CLI (spatial-cluster-compare run data.csv)