spinnmf 0.1.0

SPINNMF: Stable Spatial Pattern Discovery via AutoK Consensus Graph-Regularized Poisson NMF

SPINNMF

安装

-（发布到 PyPI 后）pip install spinnmf

• 开发模式：在源码根目录运行 pip install -e .[dev]

快速使用

命令行运行 AutoK：

spinnmf \
  --h5ad /path/to/spatial.h5ad \
  --outdir /path/to/outdir \
  --k_grid 2,3,4,5 \
  --n_seeds 5 \
  --n_jobs 4

Python 调用：

import anndata as ad
from spinnmf import fit_spin_nmf_autok, config

adata = ad.read_h5ad("path/to/spatial.h5ad")
cfg = config.SPINNMFConfig(k_grid=(2, 3, 4), n_seeds=3, n_jobs=1)
res = fit_spin_nmf_autok(adata.X, adata.obsm["spatial"], cfg)
print(res.K_star, res.W.shape, res.H.shape)

测试与构建

pytest
python -m build
twine check dist/*