Build cladograms from Wikipedia-scraped data.
Project description
Taxopedia
Build taxonomic trees (cladograms) from Wikipedia-scraped data.
Installation
Use the package manager pip to install taxopedia.
pip install taxopedia
Example Usage
import taxopedia
# scrape the data
TAXA = "Hominidae"
links_dict = taxopedia.search(TAXA, comprehensive=False)
# link the pages
csv_name = f"{TAXA}.csv"
data = taxopedia.linker(links_dict, filename=csv_name)
# explore the tree
tree = taxopedia.WikiTree.from_csv(csv_name) # load from a slim CSV
tree.view(with_color=True) # view in color console (UNIX, VS Code)
# export to file
tree.to_csv(f"{TAXA}_full.csv") # saves a filled-in CSV
tree.to_txt(f"{TAXA}.txt") # saves a dendrogram
Example Output (Tree.to_txt)
Kingdom : Animalia
└── Phylum : Chordata
└── Class : Mammalia
└── Magnorder : Boreoeutheria
└── Grandorder : Euarchonta
└── Mirorder : Primatomorpha
└── Superorder : Euarchontoglires
└── Order : Primates
└── Parvorder : Catarrhini
└── Suborder : Haplorhini
└── Infraorder : Simiiformes
└── Superfamily : Hominoidea (Hominoids or apes)
├── Family : Hominidae
│ ├── Subfamily : Homininae
│ │ ├── Tribe : Hominini
│ │ │ ├── Genus : Homo
│ │ │ │ ├── Species : †H. erectus
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : †H. e. erectus
│ │ │ │ │ └── Subspecies : †H. e. pekinensis (Peking man)
│ │ │ │ ├── Species : H. erectus
│ │ │ │ │ └── Subspecies : H. e. soloensis (Solo Man)
│ │ │ │ ├── Species : H. sapiens
│ │ │ │ │ └── Subspecies : H. s. idaltu
│ │ │ │ ├── Species : Homo erectus
│ │ │ │ ├── Species : Homo sapiens (Human)
│ │ │ │ ├── Species : †Homo antecessor
│ │ │ │ ├── Species : †Homo ergaster
│ │ │ │ ├── Species : †Homo floresiensis
│ │ │ │ ├── Species : †Homo habilis
│ │ │ │ ├── Species : †Homo heidelbergensis
│ │ │ │ ├── Species : †Homo luzonensis
│ │ │ │ ├── Species : †Homo naledi
│ │ │ │ ├── Species : †Homo neanderthalensis (Neanderthal)
│ │ │ │ ├── Species : †Homo rhodesiensis
│ │ │ │ └── Species : †Homo rudolfensis
│ │ │ ├── Subtribe : Australopithecina (Australopiths)
│ │ │ │ ├── Genus : Australopithecus
│ │ │ │ │ ├── Species : Australopithecus afarensis
│ │ │ │ │ ├── Species : Australopithecus africanus
│ │ │ │ │ ├── Species : Australopithecus deyiremeda
│ │ │ │ │ ├── Species : Australopithecus garhi
│ │ │ │ │ ├── Species : Australopithecus sediba
│ │ │ │ │ ├── Species : †Australopithecus anamensis
│ │ │ │ │ └── Species : †Australopithecus bahrelghazali
│ │ │ │ └── Genus : †Paranthropus
│ │ │ │ ├── Species : †P. aethiopicus
│ │ │ │ ├── Species : †P. boisei
│ │ │ │ └── Species : †P. robustus
│ │ │ ├── Subtribe : Panina
│ │ │ │ └── Genus : Pan (Chimpanzees and bonobos)
│ │ │ │ ├── Species : P. troglodytes
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : P. t. ellioti (Nigeria-Cameroon chimpanzee)
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : P. t. schweinfurthii (Eastern chimpanzee)
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : P. t. troglodytes (Central chimpanzee)
│ │ │ │ │ └── Subspecies : P. t. verus (Western chimpanzee)
│ │ │ │ ├── Species : Pan paniscus (Bonobo)
│ │ │ │ └── Species : Pan troglodytes (Chimpanzee)
│ │ │ ├── Subtribe : Hominina
│ │ │ │ └── Genus : †Ardipithecus
│ │ │ │ ├── Species : †A. kadabba
│ │ │ │ └── Species : †A. ramidus
│ │ │ ├── Genus : †Orrorin
│ │ │ │ └── Species : †O. tugenensis (Orrorin)
│ │ │ └── Genus : †Kenyanthropus
│ │ ├── Tribe : Gorillini
│ │ │ ├── Genus : Gorilla
│ │ │ │ ├── Species : G. beringei
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : G. b. beringei (Mountain gorilla)
│ │ │ │ │ └── Subspecies : G. b. graueri (Eastern lowland gorilla)
│ │ │ │ ├── Species : G. gorilla
│ │ │ │ │ ├── Subspecies : G. g. diehli (Cross River gorilla)
│ │ │ │ │ └── Subspecies : G. g. gorilla
│ │ │ │ ├── Species : Gorilla beringei (Eastern gorilla)
│ │ │ │ └── Species : Gorilla gorilla
│ │ │ └── Genus : †Chororapithecus
│ │ │ └── Species : †C. abyssinicus (Chororapithecus)
│ │ └── Tribe : †Graecopithecini
│ │ ├── Genus : †Ouranopithecus
│ │ │ ├── Species : †O. macedoniensis
│ │ │ └── Species : †O. turkae
│ │ └── Genus : †Graecopithecus
│ ├── Subfamily : Ponginae
│ │ ├── Tribe : †Sivapithecini
│ │ │ ├── Genus : †Ankarapithecus
│ │ │ │ └── Species : †A. meteai (Ankarapithecus)
│ │ │ ├── Genus : †Gigantopithecus
│ │ │ │ └── Species : †G. blacki (Gigantopithecus)
│ │ │ └── Genus : †Sivapithecus
│ │ ├── Genus : Pongo (Orangutans)
│ │ │ ├── Species : Pongo abelii (Sumatran orangutan)
│ │ │ ├── Species : Pongo pygmaeus (Bornean orangutan)
│ │ │ ├── Species : Pongo tapanuliensis (Tapanuli orangutan)
│ │ │ └── Species : †Pongo hooijeri
│ │ └── Tribe : Pongini
│ │ └── Genus : †Khoratpithecus
│ ├── Subfamily : †Dryopithecinae
│ │ ├── Tribe : †Kenyapithecini
│ │ │ ├── Genus : †Griphopithecus
│ │ │ │ ├── Species : †G. alpani
│ │ │ │ └── Species : †G. suessi
│ │ │ └── Genus : †Kenyapithecus
│ │ │ └── Species : †K. wickeri
│ │ └── Tribe : †Afropithecini
│ │ └── Genus : †Otavipithecus
│ │ └── Species : †O. namibiensis (Otavipithecus)
│ ├── Tribe : †Dryopithecini
│ │ ├── Genus : †Anoiapithecus
│ │ │ └── Species : †A. brevirostris (Anoiapithecus)
│ │ ├── Genus : †Danuvius
│ │ │ └── Species : †D. guggenmosi
│ │ ├── Genus : †Rudapithecus
│ │ │ └── Species : †R. hungaricus (Rudapithecus)
│ │ └── Genus : †Dryopithecus
│ ├── Subfamily : incertae sedis
│ │ └── Genus : †Sahelanthropus
│ │ └── Species : †S. tchadensis
│ ├── Genus : †Nakalipithecus
│ │ └── Species : †N. nakayamai (Nakalipithecus)
│ └── Tribe : †Lufengpithecini
│ └── Genus : †Lufengpithecus
└── Family : Hylobatidae (Gibbons)
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| Algorithm | Hash digest | |
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