tirf-trajectory 0.0.6

TIRF Trajectory

TIRF Trajectory

介绍

该软件用来处理tirf实验采集的带噪声的FRET强度信号，目前可以自动对进行FRET强度等级进行分类和截断。

安装

1. 安装miniconda. 国内用户可以使用清华镜像下载安装文件, 国内软件源镜像的设置可以参考清华tuna的说明.

2. 以Linux为例，假设miniconda安装在默认目录，打开命令行界面，按照以下命令行安装运行环境（只需运行一次，即完成安装）。

   source ~/miniconda3/bin/activate
   cd path/to/proj/dir/contains/environment_rt.yml
   conda env create -f environment_rt.yml
   

运行

1. 以后每次使用之前，先自行下面的操作

   source ~/miniconda3/bin/activate
   cd path/to/proj/dir/notebooks
   conda activate tirf_traj
   jupyter lab --ip=0.0.0.0
   

2. 打开浏览器输入 http://10.0.0.3:8888/lab (假设运行上一步命令机器的ip为10.0.0.3)，或 http://127.0.0.1:8888/lab (假设运行上一步命令的机器就是打开浏览器的机器)。处于安全考虑，不建议再未做进一步设置的前提下在公网可访问的情况下开启jupyter。

3. 在浏览器中打开tirfdata.ipynb,依次执行即可，请特别注意文本标注的cell中的提示。此外需要注意的事项，目前版本如需正常显示图像，需要保证你的浏览器可以正常连接以下网址。

   • unpkg.com
   • cdn.bokeh.org
   • cdn.holoviz.org

4. 在浏览器中打开tdp.ipynb,可画TDP图