veg2hab 0.2.2a1

Package voor automatisch omzetten van vegetatiekarteringen naar habitatkaarten

veg2hab

• veg2hab
  • Introductie
  • Installatie instructies
    • Installatie binnen ArcGIS Pro
    • Installatie op linux
  • Gebruikershandleiding
    • Gebruik in ArcGIS Pro
    • Bronbestanden die veg2hab gebruikt
  • Handleiding voor ontwikkelaars
    • Lokale ontwikkeling
    • Nieuwe release
  • Interpretatie van de output-habitattypekartering
    • Vlakbrede kolommen
    • Complex-deel-specifieke kolommen

Introductie

veg2hab zet Nederlandse vegetatietypekarteringen automatisch om naar habitattypekarteringen. De library kan op 3 manieren gebruikt worden:

• Als functionaliteit binnen andere (python) software;
• Vanuit ArcGIS Pro.

veg2hab wordt gedistribueerd via PyPI, waar alle toekomstige versies aan toe worden gevoegd.

Installatie instructies

Installatie binnen ArcGIS Pro

Gebruik van veg2hab is ontwikkeld voor en getest in ArcGIS Pro versie 3.0 en hoger. Installatie vanaf PyPI is veruit het eenvoudigst, en wordt hieronder omschreven:

1. Open ArcGIS Pro
2. Maak een nieuwe python environment aan voor veg2hab (de default conda environment is read-only en niet geschikt om veg2hab in te installeren):
   • Open de 'Package Manager'
   • Klik op het tandwiel naast 'Active Environment'
   • Maak een nieuwe environment aan op een locatie naar keuze. Gebruik als 'Source' de default Environment.
   • Selecteer de environment en druk op 'OK'.
3. Download en installeer veg2hab:
   • Klik op 'New notebook'
   • Download veg2hab met het commando !pip install --upgrade veg2hab
   • Installeer veg2hab met het commando import veg2hab
4. Installeer de veg2hab Python Toolbox:
   • Gebruik het commando veg2hab.installatie_instructies() om de locatie van de toolbox te vinden
   • Ga naar 'Add Toolbox (file)' en voeg de toolbox toe vanaf de locatie

Als het goed is, wordt de veg2hab toolbox nu getoond in de Geoprocessing tab:

Installatie op linux

Op linux heeft veg2hab een extra dependency. Pyodbc kan namelijk niet overweg met .mdb files op linux, dus gebruiken we hiervoor de mdb-export tool. Deze is te installeren met:

apt install mdbtools

voor meer informatie, zie: https://github.com/mdbtools/mdbtools

Gebruikershandleiding

Gebruik in ArcGIS Pro

De omzetting van veg2hab van vegetatiekarteringen naar habitattypekaarten gebeurt in tools in de veg2hab Python Toolbox. Om de omzetting te doen, dient de gebruiker eerst de betreffende vegetatiekarteringen in te laden als kaart in ArcGIS Pro.

De omzettool komt in twee smaken:

1. digitale_standaard, voor het omzetten van vegetatiekarteringen die de landelijke digitale standaard gebruiken, die bestaat uit een shapefile gecombineerd met een access database. De gebruiker voert in welke vegetatiekarteringen omgezet moet worden en waar de bijhorende access database te vinden is.
2. vector_bestand, voor het omzetten van vegetatiekarteringen die alle benodigde informatie in de shapefile zelf bevatten. Omdat shapefiles geen standaard kolomnamen hebben, dient de gebruiker hier een handvol inputvelden in te vullen, bijvoorbeeld welke kolom de te gebruiken landelijke typologie bevat.

Let op:

• Wanneer de gebruiker beschikt over een access database, raden wij aan de digitale_standaard omzetting te gebruiken, ook als de shapefile alle informatie bevat. Hierbij is de kans op handmatige fouten kleiner.
• Vegetatiekarteringen die omgezet worden met vector_bestand moeten beschikken over een landelijke typologie (SBB, VvN of rVvN).

Bronbestanden die veg2hab gebruikt

veg2hab is afhankelijk van verschillende bronbestanden tijdens het omzetten van vegetatiekarteringen.

Sommige bestanden zijn landelijk beschikbaar. Deze bestanden worden automatisch mee geïnstalleerd met veg2hab en zijn niet aanpasbaar door de gebruiker:

• WasWordtLijst (versie 09-feb-2021): dit bestand wordt gebruikt om landelijke vegetatietypologieën in elkaar om te zetten
• DefinitieTabel (versie 24 maart 2009): dit is een samenvatting van de profieldocumenten
• Fysisch-Geografische Regio kaart (versie 2013, link naar origineel op Nationaal georegister)

Let op: bij volgende versies komen er waarschijnlijk meer bronbestanden bij.

Handleiding voor ontwikkelaars

Lokale ontwikkeling

Download de git repository:

git clone https://github.com/Spheer-ai/veg2hab

En installeer alle lokale (developmment) dependencies met:

poetry install

Binnen het project zijn onderstaande stappen gevolgd om deze data in te lezen:

• Clone de volgende repo: https://github.com/pavlov99/mdb-export-all
• Gebruik het bash script om .mdb files om te zetten naar een map met csv bestanden
• De SBB-codes staan in Element.csv

Linting doen we met isort en black:

poetry run black .
poetry run isort .

Unittests worden gedraaid met pytest:

poetry run pytest tests/

Nieuwe release

1. Zorg ervoor dat de laatste bronbestanden in package_data staan met poetry run python release.py create-package-data.
2. Maak een nieuwe versie met poetry (major, minor, patch): poetry version {{rule}}
3. Pas de __init__.py version variabele aan zodat deze overeen komt met de nieuw poetry version
4. Pas veg2hab.pyt zodat de nieuwe version in SUPPORTED_VERSIONS staat. Heb je aanpassingen gedaan aan veg2hab.pyt sinds de laatste release, zorg er dan voor dat de SUPPORTED_VERSIONS = [{{new_version}}] wordt gezet.
5. Draai python release.py check-versions om te checken dat je geen fouten hebt gemaakt.
6. Push nu eerst je nieuwe wijzigingen (mochten die er zijn), naar github. (git add, git commit, git push)
7. Maak een nieuwe tag: git tag v$(poetry version -s)
8. Push de tag naar git git push origin tag v$(poetry version -s)
9. Github actions zal automatisch de nieuwe versie op PyPI zetten.

Interpretatie van de output-habitattypekartering

Vlakbrede kolommen

Area: Oppervlakte van het gehele vlak in m2.

Opm: Opmerkingen bij dit vlak vanuit de bronkartering, als hier een opmerkingenkolom bij is opgegeven.

Datum: Datum vanuit de bronkartering, als hier een datumkolom bij is opgegeven.

ElmID: Een voor ieder vlak uniek ID. Deze kan vanuit de bronkartering komen, maar kan ook nieuw zijn gegenereerd. Dit gebeurt de als ElmID (of een ElmID equivalent zoals OBJECTID) in de bronkartering niet voor ieder vlak uniek is; als dit het geval is is hierover een warning gegeven.

_Samnvttng: Weergave van hoeveel procent van het vlak bedekt is met welk habitattype. Dit is een combinatie van alle kolommen Habtype{i} en Perc{i}.

_LokVegTyp: Het in de bronkartering opgegeven lokale vegetatietype, als er een lokaal vegetatietype kolom is opgegeven.

_LokVrtNar: Of de oorspronkelijk opgegeven lokale vegetatietypen in de bronkartering primair is vertaald naar SBB, VvN of beide. Als er naar SBB is vertaald, zijn er bijbehorende VvN uit de waswordtlijst gehaald. Als er naar VvN of naar beide is vertaald, is dit niet gedaan.

Complex-deel-specifieke kolommen

Habtype{i}: Habitattype van het complex-deel. HXXXX hier betekend dat er menselijk oordeel nodig is over dit complex-deel.

Perc{i}: Percentage van het gehele vlak wat door dit complex-deel wordt bedekt.

Opp{i}: Oppervlakte van dit complex-deel in m2.

Kwal{i}: Kwaliteit van dit complex-deel. Dit kan zijn G (goed), M (matig) of X (nvt).

Opm{i}: Korte uitleg van hoe Veg2Hab tot het habitattype van dit complex-deel is gekomen.

VvN{i}/SBB{i}: De VvN/SBB-code die het gegeven habitattype onderbouwt, als deze er is. Dit is normaal gesproken het vegetatietype wat in de definitietabel tot het gegeven habitattype leidt. Als H0000 gegeven is, zullen alle in de definitietabel gevonden vegetatietypen weergegeven zijn. In het geval van HXXXX worden hier vegetatietypen vermeld van het meest specifieke niveau wat in de definitietabel is gevonden.

_Status{i}: Interne beslissings-status van Veg2Hab voor dit complex-deel. Wat de opgegeven status betekend is samengevat in _Uitleg{i}. Mogelijke statussen en hun uitleg zijn:

• DUIDELIJK: Als alle regels gevolgd worden is er 1 duidelijke optie; er is maar 1 habitatvoorstel met kloppende mits/mozaiek.
• GEEN_KLOPPENDE_MITSEN: Er is geen habitatvoorstel met kloppende mits/mozaiek. Er kan dus geen habitattype toegekend worden.
• VEGTYPEN_NIET_IN_DEFTABEL: De vegetatietypen van het vlak zijn niet in de definitietabel gevonden en leiden dus niet tot een habitattype.
• GEEN_OPGEGEVEN_VEGTYPEN: Er zijn in de vegetatiekartering geen (habitatwaardige)vegetatietypen opgegeven voor dit vlak. Er is dus geen habitattype toe te kennen.
• MEERDERE_KLOPPENDE_MITSEN: Er zijn meerdere habitatvoorstellen met kloppende mits/mozaiek. Er is geen duidelijke keuze te maken.
• PLACEHOLDER: Er zijn placeholder mitsen/mozaiekregels gevonden; deze kunnen (nog) niet door Veg2Hab worden gecontroleerd.
• WACHTEN_OP_MOZAIEK: Er is te weinig informatie over de habitattypen van omliggende vlakken (teveel HXXXX)

_Uitleg{i}: Uitleg van de status van dit complex-deel.

_VgTypInf{i}: De SBB en VvN typen van dit complex-deel uit de bronkartering. Als de bronkartering geen VvN had, zijn deze er via de waswordtlijst bijgezocht.

_Mits_opm{i}/_Mozk_opm{i}: Hier staat informatie over de mitsen/mozaiekregels die in definitietabelregels gevonden zijn. Wat hier staat hangt af van de status van het complex-deel:

• DUIDELIJK: Hier staat de mits/mozaiekregel weergegeven die tot het habitattype heeft geleid. Deze kloppen beide.
• GEEN_KLOPPENDE_MITSEN: Hier staan de mitsen/mozaiekregels van alle definitietabelregels die gevonden zijn in de definitietabel. Deze zijn in dit geval allemaal niet kloppend.
• VEGTYPEN_NIET_IN_DEFTABEL: Er zijn geen regels in de definitietabel gevonden voor de huidige vegetatietypen, dus er worden ook geen mitsen/mozaiekregels weergegeven.
• GEEN_OPGEGEVEN_VEGTYPEN: Er zijn geen vegetatietypen opgegeven voor dit vlak, dus er worden ook geen mitsen/mozaiekregels weergegeven.
• MEERDERE_KLOPPENDE_MITSEN: Hier staan alle kloppende mitsen/mozaiekregels van het meest specifieke niveau waar kloppende definitietabelregels voor gevonden zijn.
• PLACEHOLDER: Hier staan alle mitsen/mozaiekregels van definitietabelregels die maximaal even specifiek zijn als de meest specifieke placeholder mits.
• WACHTEN_OP_MOZAIEK: Hier staan alle mitsen/mozaiekregels van definitietabelregels die maximaal even specifiek zijn als de meest specifieke mozaiekregel.

In alle gevallen is achter elke mits weergegeven of deze klopt (TRUE), niet klopt (FALSE), of niet door Veg2Hab beoordeeld kan worden (CANNOT_BE_AUTOMATED). Een moziekregel kan ook nog uitgesteld zijn (POSTPONE); in dit geval is er te weinig informatie over de habitattypen van omliggende vlakken, omdat deze nog te veel HXXXX hebben om een mozaiekregeloordeel te kunnen vellen.

_MozkPerc{i}: Als dit complex-deel een mozaiekregel heeft, zijn hier de omringingspercentages van aangenzende habitattypen weergegeven. De getoonde percentages zijn diegene die gebruikt zijn om de mozaiekregel te beoordelen. Aangezien het mogelijk is dat een mozaiekregel beoordeeld kan worden voordat alle omliggende vlakken al een habitattype hebben gekregen (bijvoorbeeld als er al 50% van een verkeerd habitattype omheen ligt), kloppen deze soms niet met wat uiteindelijk om het vlak ligt (er kan meer HXXXX staan dan in de output kartering zo is).

_VvNdftbl{i}/_SBBdftbl{i}: Dit zijn de regels in de definitietabel waar de opgegeven mitsen/mozaiekregels te vinden zijn, opgesplitst in VvN en SBB regels.