zehramsa 1.0.1

Multiple Sequence Alignment via Dynamic Programming

Dil / Language: 🇹🇷 Türkçe · 🇬🇧 English

---

zehramsa — Çoklu Dizi Hizalama Kütüphanesi

zehramsa, Needleman-Wunsch dinamik programlama algoritması ve Center Star Alignment yaklaşımını kullanarak birden fazla DNA dizisini hizalayan, saf Python ile yazılmış bir kütüphanedir. Harici bağımlılık gerektirmez; pip ile kurulabilir.

---

Teknolojiler

• Python 3.9+
• Needleman-Wunsch — global pairwise hizalama (dinamik programlama)
• Center Star Alignment — çoklu dizi birleştirme stratejisi
• pyproject.toml — pip kurulum desteği

---

Özellikler

• İkili dizi hizalama (Needleman-Wunsch DP)
• 3+ dizi için Center Star tabanlı MSA
• Özelleştirilebilir puanlama (match / mismatch / gap)
• Hizalama skoru ve kimlik yüzdesi hesaplama
• Tip ve girdi doğrulama ile açık hata mesajları

---

Kurulum

pip install zehramsa

---

Kullanım

from zehramsa import align, SimpleScoring

result = align(["GATTACA", "GCATGCU", "GAGTACA"])
print(result)

result = align(["ACGT", "ACCT", "AGGT"], scoring=SimpleScoring(match=2.0, mismatch=-1.0, gap=-2.0))
print(result.center_sequence)

---

Süreç

Proje, dinamik programlama ile çoklu dizi hizalamasının sıfırdan uygulanmasına odaklanır. Önce Needleman-Wunsch algoritması ayrı bir modül olarak kuruldu; ardından 3+ dizi için Center Star stratejisi entegre edildi. Tüm çiftler için NW tek seferde çalıştırılıp cache'lenerek gereksiz hesaplama tekrarı engellendi. API kasıtlı olarak tek giriş noktasına (align()) indirgendi.

---

---

zehramsa — Multiple Sequence Alignment Library

zehramsa is a pure Python library that aligns multiple DNA sequences using the Needleman-Wunsch dynamic programming algorithm and Center Star Alignment strategy. No external dependencies required; installable via pip.

---

Technologies

• Python 3.9+
• Needleman-Wunsch — global pairwise alignment (dynamic programming)
• Center Star Alignment — multi-sequence merging strategy
• pyproject.toml — pip installation support

---

Features

• Pairwise sequence alignment (Needleman-Wunsch DP)
• MSA for 3+ sequences via Center Star approach
• Customizable scoring (match / mismatch / gap)
• Alignment score and identity percentage calculation
• Type and input validation with clear error messages

---

Installation

pip install zehramsa

---

Usage

from zehramsa import align, SimpleScoring

result = align(["GATTACA", "GCATGCU", "GAGTACA"])
print(result)

result = align(["ACGT", "ACCT", "AGGT"], scoring=SimpleScoring(match=2.0, mismatch=-1.0, gap=-2.0))
print(result.center_sequence)

---

The Process

The project focuses on implementing multiple sequence alignment from scratch using dynamic programming. Needleman-Wunsch was built as a standalone module first; Center Star strategy was then integrated for 3+ sequences. All pairwise NW results are computed once and cached to eliminate redundant computation. The public API was intentionally reduced to a single entry point (align()).