Yucebio-Wdladaptor 0.0.7

Yucebio Wdl适配器

Yucebio Wdl适配器

• 根据不同云平台的Cromwell基础设施将通用的workflow内容转换适合对应平台的版本
• 已经支持的云
  • Yucebio 本地SGE集群
  • 阿里云批量计算平台
  • 亚马逊云Batch平台

安装

# 初始化环境，如通过conda初始化python>=3.8的环境
conda create -n python3.8 python=3.8

# 安装依赖包
pip install click icecream requests
# 安装
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ Yucebio-Wdladaptor

配置(基于Yucebio-Config，配置文件在~/.yucebioconfig/...)

# 查看使用方式
yucebio_wdl_adaptor --help

# 设置指定平台的配置信息
yucebio_wdl_adaptor config -p <platform> -g <global_path> -s <simg_path> -h <host>
# -p --platform     需要设置的平台
# -h --host         待设置平台的cromwell api地址，如 http://host:port
# -g --global_path  公共文件路径，用于替换输入文件中的__GLOBAL__
# -s --simg_path    singularity镜像路径，用于替换输入文件中的__SIMG__

转换wdl到指定平台

yucebio_wdl_adaptor convert -p <platform> -i <json> [--submit|-s] <WDL>
# -i --input    JSON文件路径
# -p --platform 平台名称
# -s --submit   是否直接投递任务【default:False】
# WDL           workflow文件路径