结直肠癌淋巴结转移多模态科研辅助 MCP

这是一个可由 MCP 客户端调用的只读科研辅助服务。它对服务端白名单中的脱敏病例执行固定工作流：病例质控、CT 特征准备、病理特征准备、五成员集成推理和 HTML 科研辅助报告生成。

仅用于科研辅助和病例复核，不替代病理诊断、治疗建议或临床最终决策。

ModelScope Hosted 创建

Hosted 部署使用发布到 PyPI 的自包含安装包。ModelScope 不需要进入 GitHub 工作目录，也不依赖仓库根目录下的模型、病例或 YAML 文件。

在“从 GitHub 仓库快速创建”的“服务配置”框内，粘贴 configs/modelscope-mcp.json 的完整内容：

{
  "mcpServers": {
    "crc-lnm-research-assistant": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--index",
        "https://download.pytorch.org/whl/cpu",
        "--from",
        "crc-lnm-medical-agent==1.0.1",
        "crc-lnm-mcp",
        "--transport",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

该配置通过 uvx 从 PyPI 创建隔离环境，并以标准输入输出（stdio）运行。包内包含经过完整性校验的模型、托管 YAML 和演示病例；临时 artifact 写入系统临时目录。托管平台负责启动进程并转发 MCP 消息，所以这里不填 URL、端口、Docker 命令或 Bearer token。云端输出协议选择 streamable_http。

功能边界

• 输入：预提取 CT 特征 1409 维、病理特征 768 维，以及 age、male、Type、T 四项临床变量。
• 模型：5 个固定成员，部署阈值为 0.3529504342004657。
• 输出：风险概率、阈值关系、复核优先级、审计信息和转义 HTML 报告。
• MCP 仅暴露 6 个只读工具。

本版本不接受原始 DICOM、ROI、NIfTI、WSI、patch 或客户端文件路径；不运行 ResNet；不生成热图或特征因果归因。

六工具工作流

1. crc_lnm_get_model_info
2. crc_lnm_case_data_qc
3. crc_lnm_prepare_ct_features
4. crc_lnm_prepare_pathology_features
5. crc_lnm_predict_multimodal
6. crc_lnm_generate_report

每个病例使用一个新的 UUIDv4 trace_id，并在该病例的所有后续工具调用中保持不变。任一步失败即停止；artifact 不能跨病例、跨 trace 或跨服务重启复用。

本地验证

需要 Python 3.12 或 3.13 和 uv。在项目根目录执行：

uv sync --extra validation
uv run pytest -q
uv run crc-lnm-mcp --config configs/mcp.local.yaml --transport stdio

本地 stdio 配置不启用 Bearer 校验，仅用于同一受控主机上的 MCP 客户端或托管平台子进程。它会在 artifacts_local/ 写入短期运行 artifact；该目录不属于发布内容。

Docker / HTTP 部署

外部 HTTP 部署使用 /mcp 路径和 8000 端口：

docker build -t crc-lnm-mcp:competition .
docker run --rm -p 8000:8000 `
  -e CRC_LNM_MCP_BEARER_TOKEN="<由平台 Secret 注入的至少 32 字节随机值>" `
  -e CRC_LNM_MCP_ALLOWED_HOSTS="<平台服务名>:*,localhost:*,127.0.0.1:*" `
  -e CRC_LNM_MCP_ALLOWED_ORIGINS="http://nexent:3000" `
  crc-lnm-mcp:competition

健康检查为 GET /health/live 和 GET /health/ready。HTTP 客户端必须配置 Authorization: Bearer <同一 Secret>。若平台无法注入 Header，只能在确认服务完全隔离且无公网入口后使用 configs/mcp.nexent-internal.yaml。

项目结构

• configs/modelscope-mcp.json：可直接导入的标准 mcpServers 服务配置。
• configs/mcp.local.yaml：仓库内本地 stdio 运行配置。
• configs/mcp.yaml：Docker/HTTP 的安全默认配置。
• src/：MCP、模型加载、输入校验和报告代码。
• src/wei_multimodal/resources/：发布到 wheel 的托管配置、模型和演示病例。
• models/deployment_bundle/：经完整性校验的五成员模型。
• data/ 与 scripts/build_case_packages.py：Docker 构建期的白名单病例包数据及转换器。
• demo/cases/demo_case_001/：无患者信息的合成黄金回归病例。
• docs/：部署、智能体提示词、模型卡、测试报告与提交清单。

完整平台操作见 ModelScope MCP Hosted 部署操作手册、使用说明 和 平台容器部署说明。