fastafood 0.1.0

A Python package to cook DNA variants (SNPs, deletions, duplications)

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  _.-'    FASTA FOOD    '-._
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    --- fastafood v0.1.0 ---
     "From PASTA to FASTA."

fastafood est une bibliothèque Python et un outil en ligne de commande (CLI) conçu pour manipuler des séquences ADN, générer des variants (SNPs, délétions, duplications) et effectuer des traductions protéiques en masse.

Installation

Installation locale

git clone https://github.com/lthomes/fastafood.git
cd fastafood
pip install .

Utilisation (CLI)

Une fois installé, l'outil est disponible via la commande fastafood.

1. Entrée des données

Vous pouvez fournir un fichier FASTA ou une séquence brute :

• Fichier : fastafood --file genome.fasta
• Séquence brute : fastafood --seq ATGCATGC

2. Transformations de base

• Reverse Complement : --revcomp
• Trimming (5' et 3') : --trim 5 10 (enlève 5 bases au début et 10 à la fin)

3. Génération de Variants

Générez automatiquement des mutations basées sur votre séquence d'entrée :

• SNPs : --snps (génère tous les SNPs possibles)
• Délétions : --deletions 2 (tailles des délétions)
• Duplications : --duplications 3
• Protection : --protect 1 2 10 (empêche la mutation des positions 1, 2 et 10)
• Pas de délétion : --step 3 (taille du décalage de la fenêtre)

4. Traduction

• Standard : --translate
• Scanning (3 cadres) : --scan-translate
• Gestion du Stop : --stop yes (tronque au premier codon STOP) ou --stop no (défaut)

5. Formatage de sortie

• One-line (défaut) : Chaque séquence sur une seule ligne.
• Split : Découpage à 60 caractères (format FASTA standard).
• Usage : fastafood --file in.fa --format split --out out.fa

Utilisation comme bibliothèque

Vous pouvez importer les classes directement dans vos scripts Python :

from fastafood import DNASequence, VariantGenerator


## Créer une séquence
dna = DNASequence("ATGCGTACGTAG", name="ma_sequence")

## Générer des SNPs
gen = VariantGenerator(dna)
for variant in gen.generate_snps():
    print(variant)

## Traduire
proteine = dna.translate(stop_at_stop=True)

Fonctionnalités techniques

• Validation : Vérifie la validité des bases ADN (A, T, C, G).
• Flexibilité : Supporte les indexations incrémentales automatiques (_0, _1, ...) pour éviter les noms de séquences en doublon lors des exports massifs.