fastafood 0.2.0

A Python package to cook DNA variants (SNPs, deletions, duplications)

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  _.-'    FASTA FOOD    '-._
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  --- fastafood v0.2.0 ---
   "From PASTA to FASTA."

fastafood est un couteau suisse bio-informatique en Python. Il permet de manipuler des séquences ADN, de simuler des mutations complexes et de générer des bibliothèques de variants avec une précision chirurgicale.

Installation

git clone [https://github.com/lthomes/fastafood.git](https://github.com/lthomes/fastafood.git)
cd fastafood
pip install .

Utilisation (CLI)

1. Entrée des données

L'outil accepte des fichiers FASTA ou des chaînes de caractères brutes :

Fichier : fastafood --file genome.fasta

Séquence brute : fastafood --seq ATGCATGC

2. Transformations de base

Reverse Complement : --revcomp

Trimming : --trim 5 10 (supprime 5 bases en 5' et 10 bases en 3')

Traduction Protéique : --translate ou --scan-translate (3 cadres).

Gestion du Stop : --stop yes (tronque au premier *).

Génération de Variants

A. Mutations Automatisées (Massives)

Générez tous les variants possibles pour une taille donnée :

SNPs : --snps

Délétions : --deletions 2 3 (génère toutes les délétions de taille 2 et 3)

Duplications : --duplications 5

Inversions : --inversions 10

Options : --step 3 (définit le saut de la fenêtre glissante).

B. Mutations Ciblées (Précision)

Effectuez des modifications spécifiques à des positions précises :

SNP ciblé : --snps-target 6 T (remplace la base 6 par T)

Remplacement de zone : --snps-target 6 10 TTATT (remplace du nucléotide 6 à 10 par TTATT)

Délétion ciblée : --deletions-target 2 5 (supprime les bases 2 à 5)

Insertion : --insertion 4 --ins-seq ATGC (insère ATGC à la position 4)

C. Duplications et Réarrangements

Duplication simple : --duplications-target 2 5 (duplique la zone 2-5 juste après elle-même)

Duplication distante : --duplications-target 2 5 12 (duplique 2-5 et l'insère à la position 12)

Options avancées :

• --reversed yes : inverse le fragment avant insertion.

• --times 3 : insère le fragment en 3 exemplaires.

Système de Protection

Rendez certaines zones "intouchables" pour les générateurs de mutations :

Ponctuel : --protect 4 8 15 (protège les bases spécifiées)

Plages : --protect-range 10 20 50 60 (protège de 10 à 20 et de 50 à 60)

Extrémités

• --protect-extremity 15 (protège les 15 premières bases)

• --protect-extremity 10 80 (protège les 10 premières bases ET de la base 80 jusqu'à la fin)

Export & Formatage

Sortie fichier : --out results.fasta

Formatage : --format split (découpage à 60 car.) ou one-line (par défaut).

Utilisation comme Bibliothèque

Intégrez la logique de fastafood dans vos propres scripts :

from fastafood import DNASequence, VariantGenerator

# Initialisation
dna = DNASequence("ATGCGTACGTAG", name="wild_type")

# Protection des 3 premiers nucléotides
protected = {0, 1, 2}

# Génération ciblée
gen = VariantGenerator(dna)
variant = gen.generate_targeted_duplication(start=0, end=4, target=10, times=2)

print(f"Original : {dna.sequence}")
print(f"Variant  : {variant.sequence}")

Points clés

1-based Indexing : Les positions en CLI correspondent aux standards bio-informatiques (la première base est la n°1).

Validation stricte : Refuse les caractères non-ADN lors des insertions/remplacements.

Auto-naming : Génère des noms explicites pour les variants (seq_dup_x3, seq_rev_comp, etc.).