ligand-workflow 0.0.5

A workflow for aligning ligands and calculating contacts.

Ligand Workflow

ligand_workflow 是一个用于处理和分析分子对接数据的工作流工具。它包括多个功能模块，能够帮助你对齐配体，计算分子间接触并将 JSON 格式的数据转换为 CSV 表格，便于进一步分析。

功能

• ligand-align: 对齐多个结构中的配体到参考结构的配体（基于pymol的）。
• ligand-contacts: 计算分子之间的极性接触并输出结果（基于pymol的）。
• json-to-csv: 将包含多个 PDB 文件的 JSON 数据转换为 CSV 格式，便于后续分析和展示。

安装

你可以使用 pip 从 PyPI 安装该包，也可以从源代码安装。

通过 PyPI 安装

pip install ligand_workflow

用法

依托于config file进行工作流配置，config file的格式如下：

6GZR.1-10_09 #这是x-ray结构的文件名
resn FH8 and chain A and resi 101 #这是需要处理的配体的筛选条件
chain A and polymer # 这是需要处理的RNA/DNA/蛋白质的筛选条件

使用说明

1. 配体对齐

对齐多个结构文件的配体到参考结构的配体。运行以下命令：

ligand-align -i <input_folder> -c <config_file>

• <input_folder>: 包含 PDB 文件的文件夹路径。-
• <config_file>: 配置文件，指定参考结构和配体选择条件。

2. 计算接触

计算分子之间的极性接触并输出结果：

ligand-contacts -i <input_folder> -c <config_file> -o <output_file>

• <input_folder>: 包含 PDB 文件的文件夹路径。
• <config_file>: 配置文件，指定配体选择条件。
• <output_file>: 输出的 JSON 文件路径。

3. JSON 转 CSV

将 JSON 文件转换为 CSV 格式的表格：

json-to-csv -j <input_json> -o <output_csv> -x <xray_identifier>

• <input_json>: 输入的 JSON 文件路径。
• <output_csv>: 输出的 CSV 文件路径。
• <xray_identifier>: 用于识别 x‑ray 组的标识符。

示例

1. 配体对齐：

假设你有一个包含多个 PDB 文件的文件夹 pdbs/ 和一个配置文件 config.txt，你可以使用以下命令将所有文件与参考结构进行对齐：

ligand-align -i pdbs/ -c config.txt

2. 计算接触：

如果你有多个 PDB 文件，并想计算它们的接触并输出到一个 JSON 文件：

ligand-contacts -i pdbs/ -c config.txt -o contacts.json

3. JSON 转 CSV：

如果你有一个包含接触数据的 JSON 文件 contacts.json，并希望将其转换为 CSV 文件：

json-to-csv -j contacts.json -o contacts.csv -c config.txt

4. 统一调用

如果你想将所有步骤组合在一起，你可以使用以下命令：

ligand-workflow -i pdbs/ -c config.txt -o contacts.json -x xray