ligand-workflow 0.0.7

A workflow for aligning ligands and calculating contacts.

Ligand Workflow

ligand_workflow 是一个用于处理和分析分子对接数据的工作流工具。它包括多个功能模块，能够帮助你对齐配体，计算分子间接触并将 JSON 格式的数据转换为 CSV 表格，便于进一步分析。

功能

• ligand-align: 对齐多个结构中的配体到参考结构的配体（基于pymol的）。
• ligand-contacts: 计算分子之间的极性接触并输出结果（基于pymol的）。
• json-to-csv: 将包含多个 PDB 文件的 JSON 数据转换为 CSV 格式，便于后续分析和展示。

安装

你可以使用 pip 从 PyPI 安装该包，也可以从源代码安装。

通过 PyPI 安装

pip install ligand_workflow

用法

依托于config file进行工作流配置，config file的格式如下：

6GZR.1-10_09 #这是x-ray结构的文件名
resn FH8 and chain A and resi 101 #这是需要处理的配体的筛选条件
chain A and polymer # 这是需要处理的RNA/DNA/蛋白质的筛选条件

设计

使用说明

from ligand_workflow import ligand_workflow

input_folder = "tests/testOut"
output_csv = "tests/testOut.csv"
output_json = "tests/testOut.json"
config_file = "tests/config.txt"

# Call the ligand_workflow function
ligand_workflow(input_folder=input_folder, output_csv=output_csv, output_json=output_json, config_file=config_file)