medlabs-standard 0.1.0

MedLabs Standard schemas and Python SDK

MedLabs Standard

MedLabs Standard = JSON Schema (standard/) + Python SDK (sdk/python/medlabs_sdk) для пайплайна:

ingest -> extract -> normalize -> map -> validate

Философия: SDK берет на себя воспроизводимую часть (контракты, нормализация, маппинг, валидация и наблюдаемость), а LLM/prompt storage остаются подключаемыми провайдерами.

Минимальный код для приложения:

from medlabs_sdk import MedLabsPipeline

pipeline = MedLabsPipeline.from_env()
result = pipeline.parse_pdf("/path/to/report.pdf", panel="CBC")

Что внутри

• standard/ — схемы стандарта и golden fixtures
• sdk/python/medlabs_sdk/ — SDK (контракты, pipeline, normalize/map/validate)
• examples/ — практичные примеры использования SDK и стандарта

Quick Start

1) Установка

Для разработки из репозитория:

uv sync --extra providers --extra dev

После публикации в PyPI:

pip install "medlabs-standard[providers]"

2) Настройка окружения

cp .env.example .env

Минимально нужны:

• OPENAI_API_KEY
• OPENAI_MODEL (или оставить дефолт)
• MEDLABS_SAMPLE_PDF (если хотите запускать examples/parse_pdf.py без --pdf)

3) Минимальный запуск SDK

from medlabs_sdk import MedLabsPipeline

pipeline = MedLabsPipeline.from_env()
result = pipeline.parse_text(
    "WBC 5,4 x10^9/L (4.0-10.0)",
    panel="CBC",
    document_meta={"document_id": "quickstart-1", "lab_name": "Example Lab"},
)
print(result.validation.is_valid, len(result.validation.issues))

4) Запуск примеров

uv run --extra dev python examples/validate_standard_fixtures.py
uv run --extra dev python examples/pipeline_with_mock_llm.py
uv run --extra providers python examples/parse_text.py --panel CBC
uv run --extra providers python examples/parse_pdf.py --panel CBC

Подробные сценарии: examples/README.md. Документация по flow: docs/flow.md.

Поддерживаются env-флаги:

• MEDLABS_ENABLE_LANGFUSE_PROMPTS — включить/выключить загрузку prompt из Langfuse
• MEDLABS_ENABLE_TRACING — включить/выключить tracing
• MEDLABS_FAIL_ON_PROMPT_ERROR — падать при ошибке prompt provider или использовать fallback prompt
• OPENAI_BASE_URL — OpenAI-compatible endpoint (например OpenRouter)

Качество

uv run --extra dev ruff check .
uv run --extra dev pytest -q