medlabs-standard 0.1.1

Open JSON standard and Python SDK for deterministic lab report normalization

MedLabs Standard

MedLabs Standard объединяет:

• standard/ — открытый JSON-стандарт лабораторных панелей
• sdk/python/medlabs_sdk/ — Python SDK для детерминированного пайплайна

Пайплайн SDK: ingest -> extract -> normalize -> map -> validate.

Миссия

• Стандарт: привести результаты лабораторных отчетов к единому, машинно-читабельному JSON-контракту.
• Библиотека: дать простой и воспроизводимый способ получить этот контракт из текста/PDF, независимо от конкретного LLM-провайдера.

Quick Start

1) Установка

Для работы из репозитория:

uv sync --extra providers --extra dev

После публикации в PyPI:

pip install "medlabs-standard[providers]"

2) Настройка переменных окружения

cp .env.example .env

Минимально нужны:

• OPENAI_API_KEY
• OPENAI_MODEL (можно оставить дефолт)

Опционально:

• MEDLABS_SAMPLE_PDF для examples/parse_pdf.py

MedLabsPipeline() автоматически читает переменные из окружения процесса и .env/.env.local по всей иерархии директорий (ближайший к текущей директории файл имеет приоритет).

3) Запуск examples

uv run --extra dev python examples/validate_standard_fixtures.py
uv run --extra dev python examples/pipeline_with_mock_llm.py
uv run --extra providers python examples/parse_text.py --panel CBC
uv run --extra providers python examples/parse_pdf.py --panel CBC

4) Минимальный код

from medlabs_sdk import MedLabsPipeline

pipeline = MedLabsPipeline()
result = pipeline.parse_text("WBC 5,4 x10^9/L (4.0-10.0)", panel="CBC")
print(result.validation.is_valid, len(result.validation.issues))

Детали примеров: examples/README.md. Flow пайплайна: docs/flow.md.

Проверка качества

uv run --extra dev ruff check .
uv run --extra dev pytest -q