paperlab

English | Русский

English

paperlab is an open-source multi-agent LLM tool for critically reading biomedical and pharmacology research papers. Local by default, provider-agnostic, built for students and researchers.

What it does

You give paperlab a PDF of a research paper. Four AI agents read it in parallel:

• Summarizer — what the paper actually claims
• Methodologist — study design, CONSORT/PRISMA/STROBE compliance, reproducibility
• Critic — statistical weaknesses, p-hacking, cherry-picking, conflicts of interest
• Contextualizer — where this fits in the field, related work

You get a structured report in Markdown or JSON. Two modes:

• rigorous — strict peer-review style critique for postgrads and researchers
• learning — gentle explanation for undergraduates reading their first papers

Two output languages: English or Russian.

Install

Requires Python 3.11 or 3.12. Python 3.14 is not yet supported (some transitive dependencies do not build on 3.14).

pipx install --python python3.12 paperlab
paperlab init

Alternative — install with pip inside a project venv:

python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install paperlab
paperlab init

Install from source:

git clone https://github.com/zhakhatoff/paperlab.git
cd paperlab
python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"
paperlab --help

paperlab init creates ~/.paperlab/ with a default config.toml and a sessions/ subdirectory. Run with --force to overwrite an existing config.

pipx broken on Python 3.14? If pipx install fails with ensurepip errors, your pipx shared venv is running on Python 3.14. Pin it to 3.12:

rm -rf ~/.local/pipx/shared
PIPX_DEFAULT_PYTHON=$(brew --prefix python@3.12)/bin/python3.12 pipx ensurepath

CLI

paperlab read flags:

The global --verbose / -v flag turns on debug logging to stderr. Before starting a review paperlab runs a preflight check: for ollama — that the service is running; for cloud providers — that an API key is saved. If not, it prints a clear hint and exits without running the review. Use --skip-preflight to bypass.

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang en
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang ru --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Providers

paperlab uses LiteLLM under the hood. Supported provider names:

Switch globally with paperlab config set provider <name> or per invocation with --provider.

API keys. The web dashboard (paperlab web) lets you pick a provider, save its API key, and browse available models. Keys are stored locally in ~/.paperlab/keys.toml (file mode 600, never leaves your machine); environment variables take precedence over the stored file. For Ollama the dashboard detects whether it is installed and running, lists installed models with sizes, and recommends models that fit your RAM.

Config

paperlab config get provider          # print current value
paperlab config set provider openai   # update config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Config is stored in ~/.paperlab/config.toml (or $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Privacy

Everything runs locally. PDFs never leave your machine unless you explicitly configure a cloud provider. History is stored in ~/.paperlab/sessions/ as JSONL — grep, back up, delete freely.

Contributing

See CONTRIBUTING.md.

License

MIT

Русский

paperlab — open source инструмент для критического чтения биомедицинских и фармакологических научных статей с помощью команды ИИ-агентов. Локальный по умолчанию, поддерживает разных провайдеров, сделан для студентов и исследователей.

Что делает

Вы даёте paperlab PDF научной статьи. Четыре агента читают её параллельно:

• Summarizer — что статья реально утверждает
• Methodologist — дизайн исследования, соответствие CONSORT/PRISMA/STROBE, воспроизводимость
• Critic — статистические слабости, p-hacking, cherry-picking, конфликты интересов
• Contextualizer — место в поле, связь с литературой

Получаете структурированный разбор в Markdown или JSON. Два режима:

• rigorous — жёсткая критика в стиле peer-review для аспирантов и исследователей
• learning — мягкий разбор для студентов, читающих первые статьи

Два языка вывода: английский или русский.

Установка

Требуется Python 3.11 или 3.12. Python 3.14 пока не поддерживается (часть транзитивных зависимостей не собирается на 3.14).

pipx install --python python3.12 paperlab
paperlab init

Или через pip в проектном venv:

python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install paperlab
paperlab init

Из исходников:

git clone https://github.com/zhakhatoff/paperlab.git
cd paperlab
python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"
paperlab --help

pipx падает на Python 3.14? Если pipx install валится с ошибкой про ensurepip, у pipx общий venv на Python 3.14. Перегони его на 3.12:

rm -rf ~/.local/pipx/shared
PIPX_DEFAULT_PYTHON=$(brew --prefix python@3.12)/bin/python3.12 pipx ensurepath

Команда paperlab init создаёт ~/.paperlab/ с дефолтным config.toml и поддиректорией sessions/. Флаг --force перезаписывает существующий конфиг.

Использование

Флаги paperlab read:

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang ru
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang en --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Глобальный флаг --verbose (-v) включает подробный лог в stderr. Перед запуском разбора paperlab делает preflight-проверку: для ollama — что сервис запущен, для облачных провайдеров — что API-ключ сохранён; при отсутствии печатает понятную подсказку и выходит без прогона. Пропустить проверку можно флагом --skip-preflight.

Провайдеры

Работает с любым из этих без изменений в коде:

• ollama (локально, по умолчанию, бесплатно)
• openrouter (единый доступ к GPT, Claude, Gemini, Llama и т.д.)
• together, groq, gemini, anthropic, openai
• custom (любой OpenAI-совместимый endpoint)

Переключение: paperlab config set provider ollama или флаг --provider при запуске.

Конфигурация

paperlab config get provider          # показать текущее значение
paperlab config set provider openai   # обновить config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Конфиг хранится в ~/.paperlab/config.toml (или $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Приватность

Всё работает локально. PDF не покидает вашу машину, если вы явно не настроили облачного провайдера. История хранится в ~/.paperlab/sessions/ в формате JSONL — можно грепать, бэкапить, удалять.

Участие в разработке

См. CONTRIBUTING.md.

Лицензия

MIT