paperlab 0.1.3

Multi-agent LLM tool for critically reading biomedical and pharmacology research papers

paperlab

English | Русский

---

English

paperlab is an open-source multi-agent LLM tool for critically reading biomedical and pharmacology research papers. Local by default, provider-agnostic, built for students and researchers.

What it does

You give paperlab a PDF of a research paper. Four AI agents read it in parallel:

• Summarizer — what the paper actually claims
• Methodologist — study design, CONSORT/PRISMA/STROBE compliance, reproducibility
• Critic — statistical weaknesses, p-hacking, cherry-picking, conflicts of interest
• Contextualizer — where this fits in the field, related work

You get a structured report in Markdown or JSON. Two modes:

• rigorous — strict peer-review style critique for postgrads and researchers
• learning — gentle explanation for undergraduates reading their first papers

Two output languages: English or Russian.

Install

Requires Python 3.11 or 3.12. Python 3.14 is not yet supported (some transitive dependencies do not build on 3.14).

pipx install --python python3.12 paperlab
paperlab init

Alternative — install with pip inside a project venv:

python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install paperlab
paperlab init

Install from source:

git clone https://github.com/zhakhatoff/paperlab.git
cd paperlab
python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"
paperlab --help

paperlab init creates ~/.paperlab/ with a default config.toml and a sessions/ subdirectory. Run with --force to overwrite an existing config.

pipx broken on Python 3.14? If pipx install fails with ensurepip errors, your pipx shared venv is running on Python 3.14. Pin it to 3.12:

rm -rf ~/.local/pipx/shared
PIPX_DEFAULT_PYTHON=$(brew --prefix python@3.12)/bin/python3.12 pipx ensurepath

CLI

Command	What it does
paperlab version	Print installed version
paperlab init [--force]	Create ~/.paperlab/{config.toml, sessions/}
paperlab read <paper.pdf>	Run the 4-agent review (see flags below)
paperlab list	Table of past sessions
paperlab show <session-id> [--format markdown|json]	Reprint a past session
paperlab config get <key>	Read provider / model / mode / lang / extra.<k>
paperlab config set <key> <value>	Update config.toml
paperlab web	Launch Gradio dashboard

paperlab read flags:

Flag	Values	Default
--mode	rigorous, learning	from config
--lang	en, ru	from config
--provider	see table below	from config
--model	any model string the provider accepts	from config
--format	markdown, json	markdown
--output	file path	stdout

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang en
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang ru --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Providers

paperlab uses LiteLLM under the hood. Supported provider names:

Name	Where it runs	Auth	Model string example
ollama	Local (default)	none	qwen2.5:7b, llama3.2:3b
openrouter	Cloud	OPENROUTER_API_KEY	openrouter/anthropic/claude-3.5-sonnet
together	Cloud	TOGETHER_API_KEY	together_ai/meta-llama/Llama-3-70b-chat-hf
groq	Cloud	GROQ_API_KEY	groq/llama-3.1-70b-versatile
gemini	Cloud	GEMINI_API_KEY	gemini/gemini-1.5-pro
anthropic	Cloud	ANTHROPIC_API_KEY	claude-3-5-sonnet-20241022
openai	Cloud	OPENAI_API_KEY	gpt-4o
custom	Any OpenAI-compatible endpoint	as needed	LiteLLM convention
fake	In-process test double	none	any

Switch globally with paperlab config set provider <name> or per invocation with --provider.

Config

paperlab config get provider          # print current value
paperlab config set provider openai   # update config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Config is stored in ~/.paperlab/config.toml (or $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Privacy

Everything runs locally. PDFs never leave your machine unless you explicitly configure a cloud provider. History is stored in ~/.paperlab/sessions/ as JSONL — grep, back up, delete freely.

Contributing

See CONTRIBUTING.md.

License

MIT

---

Русский

paperlab — open source инструмент для критического чтения биомедицинских и фармакологических научных статей с помощью команды ИИ-агентов. Локальный по умолчанию, поддерживает разных провайдеров, сделан для студентов и исследователей.

Что делает

Вы даёте paperlab PDF научной статьи. Четыре агента читают её параллельно:

• Summarizer — что статья реально утверждает
• Methodologist — дизайн исследования, соответствие CONSORT/PRISMA/STROBE, воспроизводимость
• Critic — статистические слабости, p-hacking, cherry-picking, конфликты интересов
• Contextualizer — место в поле, связь с литературой

Получаете структурированный разбор в Markdown или JSON. Два режима:

• rigorous — жёсткая критика в стиле peer-review для аспирантов и исследователей
• learning — мягкий разбор для студентов, читающих первые статьи

Два языка вывода: английский или русский.

Установка

Требуется Python 3.11 или 3.12. Python 3.14 пока не поддерживается (часть транзитивных зависимостей не собирается на 3.14).

pipx install --python python3.12 paperlab
paperlab init

Или через pip в проектном venv:

python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install paperlab
paperlab init

Из исходников:

git clone https://github.com/zhakhatoff/paperlab.git
cd paperlab
python3.12 -m venv .venv && source .venv/bin/activate
pip install -e ".[dev]"
paperlab --help

pipx падает на Python 3.14? Если pipx install валится с ошибкой про ensurepip, у pipx общий venv на Python 3.14. Перегони его на 3.12:

rm -rf ~/.local/pipx/shared
PIPX_DEFAULT_PYTHON=$(brew --prefix python@3.12)/bin/python3.12 pipx ensurepath

Команда paperlab init создаёт ~/.paperlab/ с дефолтным config.toml и поддиректорией sessions/. Флаг --force перезаписывает существующий конфиг.

Использование

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang ru
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang en --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab list                    # история разборов
paperlab show <session-id>       # открыть прошлый разбор
paperlab web                     # веб-интерфейс в браузере (фаза 8)

Формат вывода:

paperlab read paper.pdf --format markdown          # по умолчанию
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Провайдеры

Работает с любым из этих без изменений в коде:

• ollama (локально, по умолчанию, бесплатно)
• openrouter (единый доступ к GPT, Claude, Gemini, Llama и т.д.)
• together, groq, gemini, anthropic, openai
• custom (любой OpenAI-совместимый endpoint)

Переключение: paperlab config set provider ollama или флаг --provider при запуске.

Конфигурация

paperlab config get provider          # показать текущее значение
paperlab config set provider openai   # обновить config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Конфиг хранится в ~/.paperlab/config.toml (или $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Приватность

Всё работает локально. PDF не покидает вашу машину, если вы явно не настроили облачного провайдера. История хранится в ~/.paperlab/sessions/ в формате JSONL — можно грепать, бэкапить, удалять.

Участие в разработке

См. CONTRIBUTING.md.

Лицензия

MIT