paperlab 0.1.0

Multi-agent LLM tool for critically reading biomedical and pharmacology research papers

paperlab

English | Русский

---

English

paperlab is an open-source multi-agent LLM tool for critically reading biomedical and pharmacology research papers. Local by default, provider-agnostic, built for students and researchers.

What it does

You give paperlab a PDF of a research paper. Four AI agents read it in parallel:

• Summarizer — what the paper actually claims
• Methodologist — study design, CONSORT/PRISMA/STROBE compliance, reproducibility
• Critic — statistical weaknesses, p-hacking, cherry-picking, conflicts of interest
• Contextualizer — where this fits in the field, related work

You get a structured report in Markdown or JSON. Two modes:

• rigorous — strict peer-review style critique for postgrads and researchers
• learning — gentle explanation for undergraduates reading their first papers

Two output languages: English or Russian.

Install

pipx install paperlab
paperlab init

paperlab init creates ~/.paperlab/ with a default config.toml and a sessions/ subdirectory. Run with --force to overwrite an existing config.

Use

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang en
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang ru --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab list                    # your review history
paperlab show <session-id>       # revisit a past review
paperlab web                     # open the browser dashboard (phase 8)

Output format:

paperlab read paper.pdf --format markdown          # default
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Providers

paperlab uses LiteLLM under the hood, so any of these work out of the box:

• ollama (local, default, free)
• openrouter (unified access to GPT, Claude, Gemini, Llama, etc.)
• together, groq, gemini, anthropic, openai
• custom (any OpenAI-compatible endpoint, e.g. your university's GPU cluster)

Switch with paperlab config set provider ollama or pass --provider per invocation.

Config

paperlab config get provider          # print current value
paperlab config set provider openai   # update config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Config is stored in ~/.paperlab/config.toml (or $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Privacy

Everything runs locally. PDFs never leave your machine unless you explicitly configure a cloud provider. History is stored in ~/.paperlab/sessions/ as JSONL — grep, back up, delete freely.

Contributing

See CONTRIBUTING.md.

License

MIT

---

Русский

paperlab — open source инструмент для критического чтения биомедицинских и фармакологических научных статей с помощью команды ИИ-агентов. Локальный по умолчанию, поддерживает разных провайдеров, сделан для студентов и исследователей.

Что делает

Вы даёте paperlab PDF научной статьи. Четыре агента читают её параллельно:

• Summarizer — что статья реально утверждает
• Methodologist — дизайн исследования, соответствие CONSORT/PRISMA/STROBE, воспроизводимость
• Critic — статистические слабости, p-hacking, cherry-picking, конфликты интересов
• Contextualizer — место в поле, связь с литературой

Получаете структурированный разбор в Markdown или JSON. Два режима:

• rigorous — жёсткая критика в стиле peer-review для аспирантов и исследователей
• learning — мягкий разбор для студентов, читающих первые статьи

Два языка вывода: английский или русский.

Установка

pipx install paperlab
paperlab init

Команда paperlab init создаёт ~/.paperlab/ с дефолтным config.toml и поддиректорией sessions/. Флаг --force перезаписывает существующий конфиг.

Использование

paperlab read paper.pdf --mode rigorous --lang ru
paperlab read paper.pdf --mode learning --lang en --provider ollama --model qwen2.5:7b
paperlab list                    # история разборов
paperlab show <session-id>       # открыть прошлый разбор
paperlab web                     # веб-интерфейс в браузере (фаза 8)

Формат вывода:

paperlab read paper.pdf --format markdown          # по умолчанию
paperlab read paper.pdf --format json --output report.json

Провайдеры

Работает с любым из этих без изменений в коде:

• ollama (локально, по умолчанию, бесплатно)
• openrouter (единый доступ к GPT, Claude, Gemini, Llama и т.д.)
• together, groq, gemini, anthropic, openai
• custom (любой OpenAI-совместимый endpoint)

Переключение: paperlab config set provider ollama или флаг --provider при запуске.

Конфигурация

paperlab config get provider          # показать текущее значение
paperlab config set provider openai   # обновить config.toml
paperlab config set model gpt-4o
paperlab config set extra.base_url http://localhost:11434

Конфиг хранится в ~/.paperlab/config.toml (или $PAPERLAB_HOME/config.toml).

Приватность

Всё работает локально. PDF не покидает вашу машину, если вы явно не настроили облачного провайдера. История хранится в ~/.paperlab/sessions/ в формате JSONL — можно грепать, бэкапить, удалять.

Участие в разработке

См. CONTRIBUTING.md.

Лицензия

MIT