Import du package `unipack` et guide utilisation basique

import unipack

# Pour travailler avec un fichier contenant une seule entrée UniProt
uniprot_objet = unipack.from_file_to_uniprot('chemin_fichier.txt')

# Pour travailler avec un fichier contenant plusieurs entrées UniProt
collection_objet = unipack.from_file_to_collection('chemin_fichier.txt')

Description

Le package unipack fournit des outils pour manipuler des données UniProt au format texte. Il inclut deux classes principales :

Uniprot : Représente une entrée individuelle.
Collection : Représente une collection d'entrées UniProt.

Fonctionnalités principales

Création d'objets

À partir d'un fichier contenant une seule entrée UniProt

Utilisez la fonction from_file_to_uniprot pour créer un objet Uniprot :

uniprot_objet = unipack.from_file_to_uniprot("chemin_fichier.txt")

À partir d'un fichier contenant plusieurs entrées UniProt

Utilisez la fonction from_file_to_collection pour créer un objet Collection :

collection_objet = unipack.from_file_to_collection("chemin_fichier_collection.txt")

Détails des classes, méthodes, et exemples d'utilisation

Classe `Uniprot`

Représente une entrée UniProt individuelle.

Méthode	Entrée	Description	Exemple d'utilisation et sortie
`fasta_dump()`	Aucun	Génère un fichier FASTA contenant l'ID, l'organisme, le nom du gène et la séquence.	Entrée : `uniprot_obj.fasta_dump()` Sortie : Fichier `AC12345.fasta` créé avec les données de l'objet.
`molecular_weight()`	Aucun	Retourne la masse moléculaire de la protéine en fonction de sa séquence.	Entrée : `uniprot_obj.molecular_weight()` Sortie : `50289.0` (masse moléculaire calculée).
`average_hydrophobicity()`	Aucun	Retourne l'hydrophobicité moyenne de la protéine.	Entrée : `uniprot_obj.average_hydrophobicity()` Sortie : `0.23` (hydrophobicité moyenne).
`print_attributes()`	Aucun	Affiche les attributs (ID, séquence, etc.) de l'objet.	Entrée : `uniprot_obj.print_attributes()` Sortie : Affiche dans la console : `ID: P12345` `AC Number: AC12345` `Organisme: Homo sapiens`...

Classe `Collection`

Représente une collection d'objets UniProt.

Méthode	Entrée	Description	Exemple d'utilisation et sortie
`add(arg)`	`str` (chemin vers un fichier) ou `Uniprot`	Ajoute un nouvel objet `Uniprot` à la collection.	Entrée : `collection.add(uniprot_obj)` Sortie : L'objet `uniprot_obj` est ajouté à la collection.
`delet(uniprot_id)`	`str` (ID d'un objet Uniprot)	Supprime un objet `Uniprot` de la collection à partir de son ID.	Entrée : `collection.delet("P12345")` Sortie : L'objet avec l'ID `"P12345"` est supprimé de la collection.
`sort_by_lenght()`	Aucun	Trie les objets `Uniprot` par longueur de séquence.	Entrée : `collection.sort_by_lenght()` Sortie : La collection est triée, du plus court au plus long.
`filter_for_hydrophobic(min_hydro)`	`int` (seuil d'hydrophobicité)	Retourne les objets dont l'hydrophobicité moyenne dépasse un seuil donné.	Entrée : `collection.filter_for_hydrophobic(0.5)` Sortie : Une liste des objets respectant le critère d'hydrophobicité moyenne.
`__add__(collection_2)`	`Collection`	Combine deux collections, en éliminant les doublons, pour en créer une nouvelle.	Entrée : `new_collection = collection1 + collection2` Sortie : Une nouvelle collection contenant les objets uniques des deux collections.
`go_view()`	Aucun	Retourne une liste unique des termes GO (Gene Ontology) présents dans la collection.	Entrée : `collection.go_view()` Sortie : `{ "GO:0008150": 3, "GO:0003674": 5 }` (termes GO avec leur fréquence).
`draw_ABRL(uniprot_id)`	`str` (ID d'un objet Uniprot)	Génère un histogramme de l'abondance relative des acides aminés pour un objet donné.	Entrée : `collection.draw_ABRL("P12345")` Sortie : Histogramme enregistré sous le nom `"P12345.png"`.
`print_attributes()`	Aucun	Affiche les attributs de chaque objet `Uniprot` dans la collection.	Entrée : `collection.print_attributes()` Sortie : Affiche dans la console les attributs de chaque objet `Uniprot` de la collection.

Metadata

Release files for unipack 0.1.4

For a detailed explanation of source distributions (sdists) and built distributions (wheels), please see the package formats documentation.

Source distribution (sdist)

Source distribution for unipack 0.1.4
File	Size	Uploaded
unipack-0.1.4.tar.gz	8.0 kB	Nov 29, 2024	Details

Built distribution (wheel)

Table of built distributions (wheels) for unipack 0.1.4
File	Interpreter	ABI	Platform	Reset
unipack-0.1.4-py3-none-any.whl 7.5 kB Nov 29, 2024	Python 3	none	any	Details

Total release size: 15.5 kB

Release files / unipack-0.1.4.tar.gz

Download URL	unipack-0.1.4.tar.gz
Size	8.0 kB
Tags	Source
SHA-256 checksum How to use checksums	`9e8605ef6451eedc2c16b9b66ef561665fdc3afc8fb7a7c555fa496b56acc63e`
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums	`0664345fa735e4802fb6a15b356517ae6593af9f84daa172bf38b92d6b8ce73b`
Upload date	Nov 29, 2024
Uploaded using Trusted Publishing? What is trusted publishing?	No
Uploaded via	`uv/0.5.4`

Release files / unipack-0.1.4-py3-none-any.whl

Download URL	unipack-0.1.4-py3-none-any.whl
Size	7.5 kB
Tags	Python 3
SHA-256 checksum How to use checksums	`3f66f0d00351c75ae48e20b3006ce6d1824a190590be95c7089cfa36d2516481`
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums	`6a35a87cd1246de16666240f9065fe3e0e465d5b4b6e7aeac486602934211901`
Upload date	Nov 29, 2024
Uploaded using Trusted Publishing? What is trusted publishing?	No
Uploaded via	`uv/0.5.4`