unipack 0.1.4

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Import du package unipack et guide utilisation basique

import unipack

# Pour travailler avec un fichier contenant une seule entrée UniProt
uniprot_objet = unipack.from_file_to_uniprot('chemin_fichier.txt')

# Pour travailler avec un fichier contenant plusieurs entrées UniProt
collection_objet = unipack.from_file_to_collection('chemin_fichier.txt')

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Description

Le package unipack fournit des outils pour manipuler des données UniProt au format texte. Il inclut deux classes principales :

• Uniprot : Représente une entrée individuelle.
• Collection : Représente une collection d'entrées UniProt.

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Fonctionnalités principales

Création d'objets

À partir d'un fichier contenant une seule entrée UniProt

Utilisez la fonction from_file_to_uniprot pour créer un objet Uniprot :

uniprot_objet = unipack.from_file_to_uniprot("chemin_fichier.txt")

À partir d'un fichier contenant plusieurs entrées UniProt

Utilisez la fonction from_file_to_collection pour créer un objet Collection :

collection_objet = unipack.from_file_to_collection("chemin_fichier_collection.txt")

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Détails des classes, méthodes, et exemples d'utilisation

Classe Uniprot

Représente une entrée UniProt individuelle.

Méthode	Entrée	Description	Exemple d'utilisation et sortie
fasta_dump()	Aucun	Génère un fichier FASTA contenant l'ID, l'organisme, le nom du gène et la séquence.	Entrée : uniprot_obj.fasta_dump() Sortie : Fichier AC12345.fasta créé avec les données de l'objet.
molecular_weight()	Aucun	Retourne la masse moléculaire de la protéine en fonction de sa séquence.	Entrée : uniprot_obj.molecular_weight() Sortie : 50289.0 (masse moléculaire calculée).
average_hydrophobicity()	Aucun	Retourne l'hydrophobicité moyenne de la protéine.	Entrée : uniprot_obj.average_hydrophobicity() Sortie : 0.23 (hydrophobicité moyenne).
print_attributes()	Aucun	Affiche les attributs (ID, séquence, etc.) de l'objet.	Entrée : uniprot_obj.print_attributes() Sortie : Affiche dans la console : ID: P12345 AC Number: AC12345 Organisme: Homo sapiens...

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Classe Collection

Représente une collection d'objets UniProt.

Méthode	Entrée	Description	Exemple d'utilisation et sortie
add(arg)	str (chemin vers un fichier) ou Uniprot	Ajoute un nouvel objet Uniprot à la collection.	Entrée : collection.add(uniprot_obj) Sortie : L'objet uniprot_obj est ajouté à la collection.
delet(uniprot_id)	str (ID d'un objet Uniprot)	Supprime un objet Uniprot de la collection à partir de son ID.	Entrée : collection.delet("P12345") Sortie : L'objet avec l'ID "P12345" est supprimé de la collection.
sort_by_lenght()	Aucun	Trie les objets Uniprot par longueur de séquence.	Entrée : collection.sort_by_lenght() Sortie : La collection est triée, du plus court au plus long.
filter_for_hydrophobic(min_hydro)	int (seuil d'hydrophobicité)	Retourne les objets dont l'hydrophobicité moyenne dépasse un seuil donné.	Entrée : collection.filter_for_hydrophobic(0.5) Sortie : Une liste des objets respectant le critère d'hydrophobicité moyenne.
__add__(collection_2)	Collection	Combine deux collections, en éliminant les doublons, pour en créer une nouvelle.	Entrée : new_collection = collection1 + collection2 Sortie : Une nouvelle collection contenant les objets uniques des deux collections.
go_view()	Aucun	Retourne une liste unique des termes GO (Gene Ontology) présents dans la collection.	Entrée : collection.go_view() Sortie : { "GO:0008150": 3, "GO:0003674": 5 } (termes GO avec leur fréquence).
draw_ABRL(uniprot_id)	str (ID d'un objet Uniprot)	Génère un histogramme de l'abondance relative des acides aminés pour un objet donné.	Entrée : collection.draw_ABRL("P12345") Sortie : Histogramme enregistré sous le nom "P12345.png".
print_attributes()	Aucun	Affiche les attributs de chaque objet Uniprot dans la collection.	Entrée : collection.print_attributes() Sortie : Affiche dans la console les attributs de chaque objet Uniprot de la collection.