unipack 0.1.0

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UniProt et Collection

Utilisation

Création d'objets

Les deux fichier sont stockés dans code_python

• uniprot.py : Contient la classe Uniprot, ses méthodes ainsi que la fonction permettant de créer l'objet a partir d'un chemin.
• uniprot_collection.py : Contient la classe Collection, ses méthodes ainsi que la fonction permettant de créer l'objet a partir d'un chemin.

À partir d'un fichier contenant une seule entrée UniProt :

Utilisez la fonction from_file_to_uniprot pour créer un objet Uniprot :

from code_python.uniprot import from_file_to_uniprot

uniprot_objet = from_file_to_uniprot("path_to_uniprot_file.txt")

À partir d'un fichier contenant plusieurs entrées UniProt :

Utilisez la fonction from_file_to_collection pour créer un objet Collection :

from code_python.uniprot_collection import from_file_to_collection

collection_objet = from_file_to_collection("path_to_uniprot_collection_file.txt")

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Classes et Méthodes

Classe Uniprot

Représente une entrée UniProt individuelle.

Méthode	Description
fasta_dump()	Génère un fichier FASTA contenant l'ID, l'organisme, le nom du gène, et la séquence.
molecular_weight()	Calcule et retourne la masse moléculaire de la protéine.
average_hydrophobicity()	Calcule et retourne l'hydrophobicité moyenne de la protéine.
print_attributes()	Affiche les attributs (ID, séquence, etc.) de l'objet.

Classe Collection

Représente une collection d'objets UniProt.

Méthode	Description
add(arg)	Ajoute un nouvel objet Uniprot a partir d'un chemin de fichier.
delet(uniprot_id)	Supprime un objet Uniprot de la collection à partir de son ID.
sort_by_lenght()	Trie les objets Uniprot par longueur de séquence.
filter_for_hydrophobic(min_hydro)	Filtre les objets dont l'hydrophobicité moyenne dépasse une valeur minimale.
__add__(collection_2)	Combine deux collections, en éliminant les doublons.
go_view()	Renvoie une liste unique des termes GO (Gene Ontology) présents dans la collection.
draw_ABRL(uniprot_id)	Crée un graphique de l'abondance relative des acides aminés pour un objet donné.
print_attributes()	Affiche les attributs de chaque objet Uniprot de la collection.

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