wellerlab — WellerLab Orange3 Suitepack

Alle Werkzeuge des Weller-Labors in einem Orange3-Add-on und einer Kategorie: Weller Lab.

Installation

# aus dem Monorepo (empfohlen): findet Oranges eigenes Python
python orange-install.py wellerlab

# oder direkt - ohne Versionsangabe, damit die neueste Version kommt
/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python -m pip install --no-user --upgrade --no-deps wellerlab

--no-deps ist Absicht: Orange bringt numpy/scipy/matplotlib/scikit-learn/pandas und sich selbst schon mit. Löst pip die Abhängigkeiten dagegen neu auf, kann es auf Apple Silicon die nativen arm64-Pakete gegen x86_64-Wheels tauschen - Orange startet danach nicht mehr. Nie --force-reinstall verwenden.

Beim ersten Start danach erscheint die Kategorie Weller Lab mit allen Widgets.

Wenn pip die Version nicht findet

ERROR: No matching distribution found for wellerlab==<version> direkt nach einem Release ist fast immer der PyPI-Index-Lag: die JSON-API kennt eine Version Minuten früher als der Simple-Index, den pip abfragt. Dann:

# ohne Pin installieren (holt die neueste sichtbare Version)
/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python -m pip install --no-user --upgrade --no-deps wellerlab
# hartnäckiger Fall: pip-Cache umgehen und direkt PyPI abfragen
/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python -m pip install --no-cache-dir \
    --index-url https://pypi.org/simple/ --no-user --upgrade --no-deps wellerlab
# welchen Index benutzt pip überhaupt? (Spiegel/Proxy an der Uni!)
/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python -m pip install -v wellerlab 2>&1 | grep -i "Looking in indexes"

Alternativ über die Oberfläche: Options → Add-ons → Add more… → wellerlab (der Dialog installiert die neueste Version von PyPI). Wichtig: frühere Einzelpakete (orangemetabo, orangeplsda, orangepca, orangenmr) müssen entfernt sein, sonst erscheinen die Widgets doppelt.

Icons

Ein generiertes, konsistentes Set: gleiche Kachelform und Strichstärke, Familienfarbe und -glyphe (Chromatogramm = Metabo, Multiplett = NMR, latente Ellipsen = PLS/OPLS, Score-Plot = PCA) plus Kurzlabel. Erzeugt von tools/gen_icons.py im Monorepo (inkl. Kategorie-Icon widgets/icons/WellerLab.svg).

Warum ein widget_discovery-Hook?

Orange scannt bei einem Entry-Point-Paket nur die Module, die direkt darin liegen. Unsere Widgets stecken in vier Familien-Unterpaketen, ein reiner Paket-Scan findet also nichts — die Kategorie bliebe leer. Deshalb definiert wellerlab/widgets/__init__.py denselben Hook, den auch Orange.widgets nutzt: Er schiebt die vier Familienpakete explizit in die eine Kategorie „Weller Lab" (inklusive Farbe und Icon). _test_suite.py prüft das über Oranges echte Discovery (orangewidget.workflow.discovery), nicht über die Legacy-Variante.

Tests (headless, offscreen)

Kanonischer Befehl — findet Oranges Python selbst und läuft mit jedem Python:

python3 run_tests.py                     # alle Suiten
python3 run_tests.py --python /pfad/zum/python

Die drei Suiten einzeln:

PY=/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python
$PY _test_opls_core.py      # Numerik: R2Y/Q2/VIP/Permutation
$PY _test_owoplsda.py       # Widget: Schwellen, Farben, Selektion, Ausgänge
$PY _test_suite.py          # Integration: alle 18 Widgets, Icons, Kategorie

macOS/Apple-Silicon-Falle: Wird Oranges universeller Interpreter von einem x86_64-Python (Rosetta, z. B. einer Intel-conda-Installation) gestartet, läuft er selbst als x86_64 — dort scheitert der Import von Oranges arm64-only numpy-Extension („you should not try to import numpy from its source directory“). run_tests.py umgeht das automatisch mit arch -arm64; bei direkten Aufrufen nativ starten oder ebenfalls arch -arm64 voranstellen.

Lizenz

MIT · Philipp Weller · philipp.weller@googlemail.com