wellerlab — WellerLab Orange3 Suitepack
Alle Werkzeuge des Weller-Labors in einem Orange3-Add-on und einer Kategorie: Weller Lab.
| Familie | Widgets | Inhalt |
|---|---|---|
wellerlab.metabo |
Metabo Feature Table, Preprocess, Feature Filter, Univariate Stats, Heatmap, Volcano | MetaboAnalyst-artige Statistik für GC-MS/GC-IMS-Feature-Tables (Compound Discoverer). Qt-freier Kern metabo_core. |
wellerlab.plsda |
PLS-DA, OPLS-DA | Multivariate Klassifikation; OPLS-DA mit S-Plot (p1/p(corr)), Schwellen, Farbcodierung, Klick/Shift-Klick-Selektion, VIP + orthoVIP, R2X/R2Y/Q2 (7-fach-CV) und Permutationstest. Qt-freier Kern opls_core. |
wellerlab.pca |
PCA Pro | Chemometrische PCA: Scaling (none/center/Pareto/autoscale), Komponentenwahl (Kaiser, Varianzanteil, feste Zahl), Hotelling-T²- und Q-Residuen-Diagnostik. |
wellerlab.nmr |
NMR Baseline Correction, Binning (Bucketing), Region Exclusion, Filter (Savitzky-Golay), Normalization, Reference & Alignment, Peak Finding, Calibration, Peak Match (Rnmr1D/NMRProcFlow) | Vorverarbeitung von NMR-Spektren; die letzten drei nutzen den R-Paket-Kern Rnmr1D (NMRProcFlow) per Rscript-Subprocess. |
Installation
# aus dem Monorepo (empfohlen): findet Oranges eigenes Python
python orange-install.py wellerlab
# oder direkt
/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python -m pip install wellerlab
Beim ersten Start danach erscheint die Kategorie Weller Lab mit allen
Widgets. Wichtig: frühere Einzelpakete (orangemetabo, orangeplsda,
orangepca, orangenmr) müssen entfernt sein, sonst erscheinen die Widgets
doppelt.
Icons
Ein generiertes, konsistentes Set: gleiche Kachelform und Strichstärke,
Familienfarbe und -glyphe (Chromatogramm = Metabo, Multiplett = NMR,
latente Ellipsen = PLS/OPLS, Score-Plot = PCA) plus Kurzlabel.
Erzeugt von tools/gen_icons.py im Monorepo (inkl. Kategorie-Icon
widgets/icons/WellerLab.svg).
Warum ein widget_discovery-Hook?
Orange scannt bei einem Entry-Point-Paket nur die Module, die direkt darin
liegen. Unsere Widgets stecken in vier Familien-Unterpaketen, ein reiner
Paket-Scan findet also nichts — die Kategorie bliebe leer. Deshalb definiert
wellerlab/widgets/__init__.py denselben Hook, den auch Orange.widgets nutzt:
Er schiebt die vier Familienpakete explizit in die eine Kategorie „Weller Lab"
(inklusive Farbe und Icon). _test_suite.py prüft das über Oranges echte
Discovery (orangewidget.workflow.discovery), nicht über die Legacy-Variante.
Tests (headless, offscreen)
Kanonischer Befehl — findet Oranges Python selbst und läuft mit jedem Python:
python3 run_tests.py # alle Suiten
python3 run_tests.py --python /pfad/zum/python
Die drei Suiten einzeln:
PY=/Applications/Orange.app/Contents/MacOS/python
$PY _test_opls_core.py # Numerik: R2Y/Q2/VIP/Permutation
$PY _test_owoplsda.py # Widget: Schwellen, Farben, Selektion, Ausgänge
$PY _test_suite.py # Integration: alle 18 Widgets, Icons, Kategorie
macOS/Apple-Silicon-Falle: Wird Oranges universeller Interpreter von einem x86_64-Python (Rosetta, z. B. einer Intel-conda-Installation) gestartet, läuft er selbst als x86_64 — dort scheitert der Import von Oranges arm64-only numpy-Extension („you should not try to import numpy from its source directory“).
run_tests.pyumgeht das automatisch mitarch -arm64; bei direkten Aufrufen nativ starten oder ebenfallsarch -arm64voranstellen.
Lizenz
MIT · Philipp Weller · philipp.weller@googlemail.com
1 maintainer
Metadata
1 maintainer
Release files for wellerlab 0.2.6
For a detailed explanation of source distributions (sdists) and built distributions (wheels), please see the package formats documentation.
Source distribution (sdist)
| File | Size | Uploaded | |
|---|---|---|---|
| wellerlab-0.2.6.tar.gz | 96.1 kB | Details |
Built distribution (wheel)
| File | Interpreter | ABI | Platform | Reset |
|---|---|---|---|---|
| wellerlab-0.2.6-py3-none-any.whl | Python 3 | none | any | Details |
Total release size: 218.9 kB
Release files / wellerlab-0.2.6.tar.gz
| Download URL | wellerlab-0.2.6.tar.gz |
|---|---|
| Size | 96.1 kB |
| Tags | Source |
|
SHA-256 checksum How to use checksums |
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|
|
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums |
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|
| Upload date | |
|
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No |
| Uploaded via |
twine/6.2.0 CPython/3.9.12
|
Release files / wellerlab-0.2.6-py3-none-any.whl
| Download URL | wellerlab-0.2.6-py3-none-any.whl |
|---|---|
| Size | 122.8 kB |
| Tags | Python 3 |
|
SHA-256 checksum How to use checksums |
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|
|
BLAKE2b-256 checksum How to use checksums |
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No |
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