orcacal 0.0.23

test

1. 前言

orcacal 是一个用于通过 Python 调用 ORCA 软件进行计算的库。它封装了常用的计算方法，方便用户在化学计算和模拟中使用。该库旨在简化用户与 ORCA 之间的交互，并提供一个直观的接口来进行各种化学计算。

1.1. 特性

• 封装 ORCA 常用计算方法，便于调用和使用
• 提供方便的数据获取、处理和化学特性计算
• 简化的 API 设计，易于上手

2. 安装

你可以通过以下方式安装 orcacal：

pip

pip install orcacal

conda

conda install orcacal

3. 使用示例

假如你需要在 H2O_1 文件夹内计算：

H2O_1/
│
│── input.inp

3.1. 简单运行和获取输出

import orcacal

# input_file_path = "运行的项目路径 H2O_1"
# ORCA_ins_path = "ORCA 的安装路径，请勿输入可执行文件的路径"
input_file_path = f"D:\hty\creat\code\github\orcacal\Test\ORCA_cal\ORCA_structure\H2O_1"
ORCA_ins_path = f"D:\hty\ins\ORCA_6"

# 运行 ORCA 文件 input.inp
orcacal.run(ORCA_ins_path, input_file_path)

# 输出偶极矩 (Debye)
# 返回 list [总偶极矩, X方向的偶极矩，Y方向的偶极矩，Z方向的偶极矩]
dipolemoment_Debye = orcacal.get.dipolemoment_Debye(input_file_path)
print(dipolemoment_Debye)

# 输出单点能量
single_point_energy_Debye = orcacal.get.single_point_energy_Debye(input_file_path)
print(single_point_energy_Debye)

# 输出 前线轨道 HOMO, LUMO
# 返回 list [HOMO, LUMO]
homo_Lumo_eV = orcacal.get.homo_Lumo_eV(input_file_path)
print(homo_Lumo_eV)

3.2. 对 input.inp 的内容进行自定义

import orcacal

# input_file_path = '运行的项目路径 H2O_1'
# ORCA_ins_path = 'ORCA 的安装路径，请勿输入可执行文件的路径'
input_file_path = f"D:\hty\creat\code\github\orcacal\Test\ORCA_cal\ORCA_structure\H2O_1"
ORCA_ins_path = f"D:\hty\ins\ORCA_6"

# 设置计算方法，! HF DEF2-SVP LARGEPRINT，这是 calfun 的默认值
orcacal.set_calfun(input_file_path, calfun=f'! HF DEF2-SVP LARGEPRINT')

# 设置待分析物质的几何空间位置，H2O 的笛卡尔坐标是 location 的默认值
orcacal.set_location(input_file_path, location=f'* xyz 0 1\nO   0.0000   0.0000   0.0626\nH  -0.7920   0.0000  -0.4973\nH   0.7920   0.0000  -0.4973\n*')
# 建议使用 orcacal.generate_xyz 从 SMILES 获取坐标，见后文

# 设置一个核心的最大内存使用量，500MB 是 maxcore 的默认值
orcacal.set_maxcore(input_file_path, maxcore=500)

# 设置并行计算的处理器数量，1 是 jobs 的默认值，-1 表示使用全部核心数
orcacal.set_nprocs(input_file_path, jobs='1')

# 运行 ORCA 文件 input.inp
orcacal.run(ORCA_ins_path=ORCA_ins_path, input_file_path=input_file_path)

3.3. 便利性的操作

3.3.1. 从 SMILES 创建分子对象并生成带电荷和自旋多重度的笛卡尔坐标系 (xyz)

import orcacal

atom_coords = orcacal.generate_xyz("O")
print(atom_coords)

# atom_coords:
# * xyz 0 1
# O 0.008935 0.404022 0.000000
# H -0.787313 -0.184699 0.000000
# H 0.778378 -0.219323 0.000000
# *

3.3.2. 生成 Molden 文件用于载入其他软件

import orcacal

# 经过 ORCA 计算得到 input.gbw 后才能生成，否则报错
# input_file_path = '运行的项目路径 H2O_1'
# ORCA_ins_path = 'ORCA 的安装路径，请勿输入可执行文件的路径'
input_file_path = f"D:\hty\creat\code\github\orcacal\Test\ORCA_cal\ORCA_structure\H2O_1"
ORCA_ins_path = f"D:\hty\ins\ORCA_6"

orcacal.make_molden(ORCA_ins_path, input_file_path)

3.4. 其他说明

输入的文件的命名不一定需要是 input.xxx，这只是默认值，同理输出也不一定命名为 result.xxx，可以查看相应方法的 API，基本都提供了修改方案

例如在orcacal.run中设置 input_name 或/和 output_name

orcacal.run(ORCA_ins_path, input_file_path, input_name='input', output_name='result')

4. API 手册

4.1. orcacal

4.1.1. orcacal.run

run(ORCA_ins_path: Path, input_file_path: Path, input_name: str = 'input', output_name: str = 'result') -> None

执行 ORCA 计算，输出结果保存到同目录下的 result.out 中。

Args:
ORCA_ins_path (Path): ORCA 安装目录。
input_file_path (Path): 输入文件所在的路径。
input_name (str): 输入文件的基本名称（不包括扩展名），默认是 'input'。
output_name (str): 输出结果文件的基本名称（不包括扩展名），默认是 'result'。

4.2. orcacal.get

4.2.1. orcacal.get.homo_Lumo_eV

homo_Lumo_eV(input_file_path: Path, output_name: str = 'result') -> list or None:

从指定的输出文件中提取 HOMO 和 LUMO 能量值，单位为 eV。

Args:
input_file_path (Path): 输入文件的路径，包含输出文件的目录。
output_name (str): 输出文件的名称，不包含扩展名，默认为 'result'。

Returns:
list or None: [HOMO, LUMO]，包含 HOMO 和 LUMO 能量值的列表；如果未找到数据，则返回 None。

5. 在开发的功能

吉布斯能量变换和换算，福井指数

6. Star History