biomodules 1.1.17

bioinformatics modules.

biomodules: 生物信息模块

基础模块（base）

1. MergeDir，给定一个输入文件夹和一个输出文件，把该文件夹下的所有文件合并到该文件中；
2. CountLines，给定一个文件计算其行数；
3. MergeZipFile，给定一个zip文件，将该zip文件下的所有文件合并为一个文件

序列相关（seq）

1. Fastq2Fasta，fastq转fasta；
2. SubSeq，从fasta文件中提取部分序列；

预处理模块（preprocessing）

1. Fastqc，使用fastqc进行质量控制；
2. Filtlong，使用Filtlong过滤reads；

序列比对（align）

1. Blastn，使用blastn进行序列比对；
2. Minimap2，使用minimap2进行序列比对；
3. Samtools，使用samtools处理比对结果；
4. LowDepth，提取samtools depth中低深度位点；
5. Muscle，muscle多序列比对；

变异检测（variant）

1. Bgzip，bgzip压缩；
2. Bcftools，bcftools相关功能；

Oxford Nanopore（ont）

注意，使用该功能需要安装额外的包：

pip install biomodules[ont]

1. medaka，使用medaka call突变；

系统发育

1. IQTree，使用iqtree构建进化树
2. MSAPhyloTree，使用多序列比对构建进化树