biomodules 1.1.6

bioinformatics modules.

biomodules: 生物信息模块

通用模块

1. MergeDir，给定一个输入文件夹和一个输出文件，把该文件夹下的所有文件合并到该文件中；

序列相关（seq）

1. Fastq2Fasta，fastq转fasta；

预处理模块（preprocessing）

1. Fastqc，使用fastqc进行质量控制；
2. Filtlong，使用Filtlong过滤reads；

序列比对（align）

1. blastn，使用blastn进行序列比对；
2. minimap2，使用minimap2进行序列比对；
3. samtools，使用samtools处理比对结果；
4. low_depth，提取samtools depth中低深度位点；

变异检测（variant）

1. bgzip，bgzip压缩；
2. bcftools，bcftools相关功能；

Oxford Nanopore（ont）

注意，使用该功能需要安装额外的包：

pip install biomodules[ont]

1. medaka，使用medaka call突变；